Miért került szembe egymással Mátyás király és az érsek?
Mátyás és Zrednai János viszonya a király cseh háborújának nyomán romlott meg, jóllehet a részletek nem teljesen világosak. Zrednait évtizedes ismeretség fűzte az 1458-ban cseh királlyá választott Podjebrád Györgyhöz, és bár a cseh- és morvaországi katolikus kisebbség megsegítését minden bizonnyal támogatta,
Mátyás cseh királlyá választását és a huszita eretneknek tekintett Podjebrád elleni nyílt hódító háborút nem helyeselte.
1470 elején az érsek még sikertelenül próbált közvetíteni Mátyás és Frigyes császár között, hogy megakadályozza az ország teljes elszigetelődését, a tárgyalások kudarca után azonban végleg elhidegült uralkodójától.
Miután 1471-ben a prágai országgyűlés a katolikus Jagelló Ulászlót – a későbbi II. Ulászló magyar királyt – választotta meg a cseh trónra Mátyás helyett, a cseh háború nemcsak értelmét, hanem ürügyét is vesztette, ami tovább növelte a királlyal szembeni elégedetlenséget. Amikor a királyi tanács nevében
egy ízben közölte Mátyással, hogy kizárólag az oszmánok elleni háborúra ajánlanak pénzt, a király állítólag megütötte János érseket.
1471 nyarán az ekkor már idős és beteg főpap állt az ellenzék élére, amely Jagelló Kázmér herceget – Ulászló fivérét – hívta meg a magyar trónra. A mozgalom elbukott, Zrednai János gyakorlatilag házi őrizetben halt meg 1472 augusztusában.