2018-tól Melbourne-ben állítólagos molesztálás miatt állították bíróság elé, még börtönbe is került, de végül az ausztrál legfelsőbb bíróság felmentette a vádak alól, mivel azok meglehetősen gyenge lábakon álltak, és ellentmondásosak voltak. A perek kapcsán az is felmerült, hogy azokat egy másik, Pell pénzügyi tisztaságra törekvését nem kedvelő bíboros pénzelhette, akit aztán Ferenc pápa megfosztott bíborosi címétől.
A bíborost először 2018 decemberében mondták ki bűnösnek öt ízben elkövetett szexuális visszaélés miatt,
amelyeket az eredeti vádak szerint a melbourne-i Szent Patrik-székesegyház templomi kórusának két, 13 éves tagjával szemben a kilencvenes években követett el, néhány hónappal azután, hogy a város érsekévé nevezték ki.