Ramil Sahib Safarov, az örmény katonatársa 2004-es budapesti meggyilkolásáért életfogytiglani szabadságvesztésre ítélt azeri katonatiszt kiadatását „lelkiismeretlen és hallatlan tettként” minősítve az ortodox egyházvezető annak a meggyőződésének adott hangot, hogy a magyar hatóságok tettével szemben „az igazság és béke ügye iránt elkötelezett nemzetek és országok nem maradhatnak közömbösek”.
II. Karekin a levelében ismételten felhívta a püspökök figyelmét arra, hogy „ez az elítélendő döntés feszültségekhez, etnikai és vallási konfliktusokhoz vezethet a régióban”.
Bölcskei Gusztáv és Gáncs Péter szeptember 2-án levélben fordult II. Karekin pátriárkához, amelyben együttérzésükről biztosították az egyházi vezetőt amiatt, hogy az azeri elnök kegyelemben részesítette és szabadon bocsátotta a Magyarországon törvényesen börtönbüntetésre ítélt azeri gyilkost, akit néhány nappal ezelőtt adtak ki hazájának.
Magyarország augusztus 31-én adta át Azerbajdzsánnak az azeri katonatisztet, akit hazájában elnöki kegyelemmel azonnal szabadlábra helyeztek. Szerzs Szargszján örmény elnök aznap bejelentette, országa felfüggeszti a diplomáciai kapcsolatokat Magyarországgal.