339-ben keresztelkedett meg, 22 éves korában. Parancsnoka kérésére még két évig szolgált, majd elhagyta a katonaságot és Poitiers-be ment, hogy a szentség hírében élő Hilarius püspök mellett tanuljon és szolgáljon. Itt szentelték diakónussá, a rövid kitérő után pedig visszatért Pannóniába, álmában ugyanis utasítást kapott, hogy szülőföldjén hirdesse az evangéliumot, ahová idő közben szülei is visszaköltöztek. Életének e periódusa nem volt nehézségektől mentes; a Márton korában erős ariánus mozgalom [eretnek irányzat, amely szerint a Fiú nem egylényegű az Atyával, azaz figyelmen kívül hagyja Jézus több helyen tett kijelentését, miszerint „Én és az Atya egy vagyunk.” Vö.: Jn 10;30. – a szerk.] követői rendre ellene támadtak, végül bántalmazták és elkergették szülővárosából.
Életrajzírói úgy tudják, minderről már előre figyelmeztetést kapott, úton Savaria felé ugyanis egy alak többször is megjelent neki és közölte vele, hogy
bármerre indul is missziós útra, az ördög mindenütt támadni fogja.
Bár Savariában édesanyját is megtérítette, aki fia hatására megkeresztelkedett, apja a pogány hit követője maradt, Márton pedig ismét – ezúttal kényszerűségből – útra kelt. Térítő munkáját Milánóban folytatta, ám a helyi ariánus közösség innét is elűzte őt.
Elérkezettnek látta az időt, hogy kipróbálja azt, amire szíve gyermekkora óta vágyott, így egy kies szigeten másodmagával a szemlélődő imádságban gyökerező remeteéletet kezdett. A sziget gyér növényzete biztosított számukra táplálékot, ám Márton, aki nem rendelkezett e téren megbízható tudással, egy alkalommal mérges gyökeret fogyasztott, súlyos beteg lett, amiből csoda hatására gyógyult meg. Később ismét Poitiers közelében folytatta evangelizációs szolgálatát, a várostól alig pár kilométerre található Ligugé település határában alapított remeteközösséget, amely hamarosan számos követőt vonzott. A közösség életét Márton odaadóan szervezte, nemsokára már a papi rend tagjaként.