Elérkezettnek látta az időt, hogy kipróbálja azt, amire szíve gyermekkora óta vágyott, így egy kies szigeten másodmagával a szemlélődő imádságban gyökerező remeteéletet kezdett. A sziget gyér növényzete biztosított számukra táplálékot, ám Márton, aki nem rendelkezett e téren megbízható tudással, egy alkalommal mérges gyökeret fogyasztott, súlyos beteg lett, amiből csoda hatására gyógyult meg. Később ismét Poitiers közelében folytatta evangelizációs szolgálatát, a várostól alig pár kilométerre található Ligugé település határában alapított remeteközösséget, amely hamarosan számos követőt vonzott. A közösség életét Márton odaadóan szervezte, nemsokára már a papi rend tagjaként.
E közösségszervező munkája alapvető jelentőségű volt, a későbbi években számos, frissen megtérített közösségbe küldte el itteni tanítványait, hogy az általa elültetett magot gondosan öntözgessék.
Sokat utazott, sokakat megtérített, egyházközségeket hozott létre, megszervezve azok hitéletét és lelki vezetőket biztosítva a frissen megtért közösségeknek. 371-ben – bár ez ellen tiltakozott – Tours város püspökének választották. Alázatos, szerény és szegényes életmódját püspöki hivatala lelkiismeretes betöltésének évtizedeiben is megtartotta. Bár az a csendes életmód, amelyre egész életében vágyott, többé már nem adatott meg számára, rendíthetetlenül járta a vidéket, lerombolta a pogány bálványokat, templomokat épített és szerzetesi közösségeket alapított, szolgálta a rábízott híveket és több csodát is kieszközölt. Népszerű és tisztelt püspök lett, akinek hatására az általa vezetett egyházmegyében egyetlen pogány falu sem maradt, és széles tömegek váltak Jézus Krisztus követőivé.