Bebek gondoskodott a várról és az olasz Alessandro da Vedano tervei alapján egy erős katonai erődítménnyé építtette át, 1551-ben. A régi vár egy középső várrésszel és két új, ötszögalapú bástyával, valamint egy 6 méter vastag fallal bővült, amelyben ágyúkat helyeztek el. Továbbá hozzáépítettek egy falat, amely körülvette az egész várat, két kör alakú bástyával, amelyeknek feladatuk az volt, hogy védelmezzék a vár alsó és középső területeit. Ez a két bástya 10 m mély árokkal volt körülvéve és csapóhídon keresztül lehetett bejutni a várba, amit végül a törökök – árulással – 1554. június 16-án mégis bevettek.
A vár felszabadítása után, a 17. században élte a vár a fénykorát.Ebben az időben politikai és katonai fellegvárnak számított. Ide menekültek a nemesek a veszélyeztetett területekről. Itt üléseztek Heves, Pest, Szolnok és Csongrád megye elöljárói. Nemcsak Nógrád, hanem a szomszédos hódoltsági területek székhelye, stratégiai fontosságú királyi végvár is volt ekkor.
Az ásatások során a várban találtak pipákat, kalapácsot, fúrókat, baltát, csákányokat, kaszát, lapátot is. A fegyverek közt voltak ágyúgolyó-maradványok, török kopjahegyek, harci balták, bárd, lándzsa, szablya, török jatagánok és puskacsövek, vas- és ólom puskagolyók és a hozzájuk tartozó öntőformák. Tömérdek mennyiségű ágyúgolyót is találtak, valamint az ágyú tisztításához szükséges kellékeket, amelyek ma a krasznahorkai múzeumban tekinthetők meg. A lovasságtól főleg patkók maradtak fenn.