Nagy Imre nem volt ilyen jó véleménnyel Mindszentyről, fellépését sok hasonlóan gondolkodó baloldalival (pl. Németh László, Tildy, Bibó, Kéthly, stb.) ellenforradalmi veszélynek tartotta.
1956 napjaiban Gimes Miklósnak jelezte, hogy ha Mindszenty kerülne hatalomra, mert a nép megválasztaná (!), akkor azt a kommunistáknak, így neki sem kell tudomásul venni. Kényszerűen dolgozott vele – 1956 sorsdöntő napjaiban személyesen nem találkoztak –, amelynek gyakorlati megvalósítását a labilis idegrendszerű Tildy Zoltánra bízta, akit Mindszenty nem tartott sokra. Tildy blokkolni próbálta Mindszentyt, hogy ne legyen vele gond. A hercegprímást a forradalom miniszterelnöke, aki minden jel szerint igény tartott a közjogi szerepére is (ahogyan azt Bibó István is konstatálta, akivel viszont találkozott a szovjet intervenció napján), jobboldali reakciós veszélynek tartotta a szocialista és demokratikus erők vezette forradalomra. Legalábbis ezt írta le Snagovban, ahová párttársai internálták 1956 leverése után. Azt gondolta, hogy Magyarország hercegprímása már a november 3-i beszédében az ő és kormánya tagjainak a számonkérését sürgette. Amíg Mindszenty támogatta a fegyveres függetlenségi harcot (egyik első tette volt szabadulása után megáldani a szabadságharcosok fegyvereit), amely a megszálló szovjet csapatok és idővel a kommunista rendszer ellen is fordult, addig Nagy szerint 1956-ban „a munkásosztály a népi demokrácia és a szocialista vívmányok alapján állva vezette a harcot a nemzeti függetlenségért”.
A különbséget zongorázni lehetne, főleg, ha tudjuk, hogy Nagynak a Pfeiffer-féle Magyar Függetlenségi Párt is, de a Barankovics alapította Demokrata Néppárt is „reakciós, sőt fasiszta” volt. A megszálló Szovjetunió vezető politikusaival (Mikojan, Szuszlov, Szerov, Malinyin) rendszeresen egyeztetett Nagy Imre 1956-ban is. Mindszenty a DNP-vel még 1956-ban sem akart együttműködni, mert úgy gondolta, a programjuk kevés, és a baloldallal, a kommunistákkal szemben is megengedő, túlságosan kooperatív. Nagy Imre – 1956 leverése után – egy harmadik utas szocialista országot, demokratikus szocializmust képzelt el a magyar népnek, amíg Mindszenty mindent, ami 1944 októbere óta (azaz a nyilas puccs óta) történt az országban, törvénytelennek tartott, és a nemzeti önrendelkezés, szuverenitás teljes helyreállítását igényelte, amelynek jó kezdőpontja lehetett volna 1956. Mindszenty ezért nem akarta sem 1956 napjaiban, sem később forradalomnak tartani ’56-ot, csakis és kizárólag szabadságharcnak.
A fentiekből is kiderülhet, hogy Mindszenty kiknek lehet hős, ha 1956-ot szemléljük. Nem véletlen, hogy a CIA vezére, Allen Dulles is Nagy ellenpontját látta benne akkoriban. Mert Nagy és Mindszenty ellentétek voltak, akik egy vezér nélküli szabadságharcban hirtelen egy oldalra kerültek, de csak egyetlen nézőpontból. Az utókornak azonban van több nézőpontja is, és jobban, részleteiben is ismerheti a történéseket. Megvan nekünk a választás szabadsága, és a jobboldali választása érthetően Mindszenty József, Magyarország utolsó hercegprímása kell, hogy legyen. Nagy Imre mindig is a baloldal és a rendszerváltás demokratikus ellenzékének a választása volt, mindez érthető, hasznos is volt talán egy kinyújtott politikai pillanatig, de a posztkommunizmus hantolása a helyreállítás igényét hozta elő, amelynek logikus következménye lehet Mindszenty.
A kérdés persze csupán annyi: