A Kommün bukásának idejére ugyanakkor a Dél-Dunántúlt leszámítva az egész ország tekintélyes részén – beleértve a fővárost is – a román hadsereg irányította a közigazgatást. A román parancsnokság a megszállt területein ellenőrizte a postát és a sajtót, és katonai közigazgatást gyakorolt. Emellett szinte rögtön elkezdték a fellelhető javaknak, mindenekelőtt a gabonatermésnek, az állatállománynak, a közlekedési eszközöknek, a vasúti járműveknek, de még egyes gyárak komplett gyártósorainak és gépparkjának is a szisztematikus összegyűjtését és vagonokban való Romániába szállítását. Ezeket az akciókat vagy háborús jóvátételként, vagy csapataik ellátására hivatkozva folytatták. A területükön kijárási tilalmat vezettek be és cenzúrát működtettek. A román hadsereg erőszakos megnyilvánulásai számos esetben a lakosság ellenállásába ütköztek, így több helyen is összetűzésekre került sor a megszálló alakulatok és a polgári lakosság között. Ezeket követően többször került sor botozásokra, bebörtönzésekre, de gyilkosságokra is. A román katonák által meggyilkolt egyének pontos számát nem tudni, azok szisztematikus összegyűjtésére még senki sem vállalkozott. Annyi bizonyos, hogy százas nagyságrendű számról lehet szó. Az antant utasításainak engedelmeskedve, a román hadsereg csak 1919. november 14-én ürítette ki a fővárost, míg a Tiszántúlról csak 1920 áprilisában vonultak ki.
A nyár folyamán Szegedre érkezett tisztekből és a verbuvált környékbeliekből az ellenforradalmi kormány többé-kevésbé ütőképes hadsereget állított fel. Ez volt a Nemzeti Hadsereg. Vezetését a világháborúban kitűnt ellentengernagyra, Ferenc József korábbi szárnysegédjére, a nagy tekintélynek örvendő Horthy Miklósra bízta. A rendelkezésre álló tartalékos – és tényleges – tiszteket június elején 100–150 fős, ún. tiszti századokba szervezték. A felállított hadsereg tagjainak nézeteire az szélsőséges antikommunizmus mellett a radikalizmus, a nacionalizmus, és az irredentizmus volt jellemző. A hadügyminiszter Horthy 1919. november 9-én kiválva a szegedi kormányból, önállósította magát, csapataival pedig augusztus első hetében a Dunántúlra vonult.”