Igaz, a 19. század közepén Muhammad Ali, az oszmán birodalom egyiptomi alkirálya modernizálta az államigazgatást, az ipart és az oktatást, aminek következtében a koptok is betölthettek vezetőbeosztású állásokat, sőt, több helyi önkormányzatban is hivatalt kaptak. Lehettek saját földbirtokaik, és kialakult egy kereskedői polgári réteg. 1874-ben létrejött egy civil jogvédő szervezet, amely biztosította a koptok szabad vallásgyakorláshoz való jogát, és a muszlimokkal egyenrangú állampolgárokká tette őket. Később, a huszadik század elején, 1919 és 1952 között a koptok újra békében, biztonságban és vallásszabadságban élhettek, amelynek az 1952-es forradalom vetett véget.
A koptok, akik támogatták Egyiptom függetlenedését a britektől, végül nem jöttek ki jól a változásból.
Amellett, hogy az államosítások miatt az elit vagyona 75 százalékát elveszítette, a forradalom után hatalomra kerülő Gamal Abden-Nasszer elnök két rendeletet is kiadott, amivel a kopt kisebbséget sújtotta. Egyrészt kötelezővé tette a muszlim vallásoktatást az iskolákban, ami korábban fakultatív volt, másrészt előírta, hogy az Al Azhar Egyetemre csak muszlim vallású diákok nyerhetnek felvételt. Még ebben az évtizedben maximalizálták a koptok földbirtokainak méretét,