A Juncker-féle Bizottság politikai törekvéseinek egyik megnyilvánulása a deep state, azaz a láthatatlan állam térnyerése volt az Európai Unió döntéshozatali mechanizmusában, illetve az EU-s intézményekben.
David M. Herszenhorn és Jacopo Barigazzi arra hívják fel a figyelmet, hogy több brüsszeli hivatalnok és diplomata panaszkodott arra, hogy egyre jobban érezhető a láthatatlan állam működése az EU mindennapijaiban. Példaként említették Jean-Claude Juncker jobbkezét, Martin Selmayrt, aki a Bizottság alkalmazottjainak munkájáért felelt. A megkérdezettek többsége szerint egyre eltökéltebb szándék mutatkozott a Bizottság vezetői részéről arra, hogy az EU minél több szakpolitikájába beavatkozzon, valamint saját kezébe vegye az egész európai projekt kormányzását.
A szerzőpáros arra is rámutat, hogy az elnök által 2018 szeptemberében elmondott, Az Unió helyzete (State of the Union) című beszéd az EU-s intézmények közötti hatalmi feszültséget is jól ábrázolta. A 2014-ben kezdődő elnöki ciklusának kezdetén úgy fogalmazott Jean-Claude Juncker, hogy egy politika által átitatott és proaktív Bizottságot kíván létrehozni és vezetni. Az Európai Tanácsot a Bizottság egyfajta ellenpólusaként fogta fel. Egy másik hivatalnok a következőképp foglalt állást a Bizottság munkájáról: „Jól látható, hogy a Bizottságot részben saját intézményi érdekei motiválják.”
Ezzel párhuzamosan az is megállapítható, hogy nem minden tagállam lelkes az együttműködéssel kapcsolatban, valamint olyanok is akadnak, akik egyáltalán nem akarják követni a Bizottságot – tették hozzá a szerzők. Egy másik diplomata pedig a következő gondolatot fogalmazta meg: „A Bizottság nem egy tagállam. A Bizottság csupán segít elérni a tagállamok céljait. Először az állam- és kormányfők véleményét kellene meghallgatni.”