Nagy Imre ezt követően a jugoszláv nagykövetségre ment menedékjogot kérni. November 21-én Kádár János írásos garanciát adott Edvard Kardelj jugoszláv miniszterelnök-helyettesnek, hogy Nagy Imrét és társait nem fogják felelősségre vonni. Nagy Imréék ebben bízva másnap távoztak a nagykövetségről. November 23-án társaival és családjával együtt Romániába deportálták, ahol a Snagovi-tó partján tartották fogva őket, házi őrizetben.
1957. márciusában Moszkvában
Kádár János megállapodott az SZKP vezetőivel abban, hogy Nagy Imrét bíróság elé állítják.
A Belügyminisztérium 1957. augusztus 10-én készítette el a Nagy Imre-per vádiratát, augusztus 26-án Moszkvában Biszku Béla belügyminiszter egyeztette a vádiratot és az ítéleteket Andropovval, az SZKP KB osztályvezetőjével és más szovjet vezetőkkel. 1958. február 5-én vette kezdetét a titkos per. A tárgyalás vezetőjéül kinevezett Vida Ferenc bíró meg volt győződve Nagy Imréék „ellenforradalmi” bűnösségéről, és a legsúlyosabb ítélet szükségességéről.
Június 15-én a Legfelsőbb Bíróság Népbírósági Tanácsa (melyet Vida Ferenc vezetett) Nagy Imrét halálra és teljes vagyonelkobzásra, Donáth Ferencet 12 évi börtönre, Gimes Miklóst halálra, Tildy Zoltánt 6 évi börtönre, Maléter Pált halálra, Kopácsi Sándort életfogytiglani börtönre, Jánosi Ferencet 8 évi, Vásárhelyi Miklóst pedig 5 évi börtönre ítélte. Az ítélet az MSZMP PB előzetes jóváhagyásával született meg.