1919 végén a Huszár-kormány őt nevezte ki a magyar küldöttség vezetőjévé a trianoni béketárgyalásokon. Apponyi
1920. január 16-án három nyelven fejtette ki a magyar álláspontot,
hatalmas ívű szónoklatában történeti-jogi, gazdasági, földrajzi, kulturális, nyelvi és etnikai érvekkel, a bolsevizmus elleni harcra hivatkozva próbálta Magyarország integritását megvédeni. A földrajztudósként is elismert Teleki Pál által készített néprajzi térképet bemutatva demonstrálta az öt főhatalom képviselőinek, hogy a tervezett új határok mentén tömbben élő magyarok igen jelentős számban kerülnének idegen uralom alá. Beszédében előre jelezte a diktátum okozta későbbi bajokat, a győztesek szemére vetette a wilsoni önrendelkezési elv mellőzését. Közölte azt is, hogy érvei elvetése, az új határok fenntartása esetén Magyarország népszavazást kér. A békeszerződés tervezete, amely Magyarország új határait is rögzítette, azonban már hónapokkal korábban megszületett, és azon jottányit sem változtattak. Egy hónappal később Apponyi vette át a békediktátumot, ami után az egész küldöttség lemondott; a szerződést 1920. június 4-én Benárd Ágost népjóléti miniszter és Drasche-Lázár Alfréd követ írta alá. Az 1920-ban összeült Nemzetgyűlésben az igen népszerű Apponyi a pártonkívüli legitimista ellenzék egyik vezetője lett, de Bethlen István kormányfőnek sikerült ügyes taktikázással háttérbe szorítania. Apponyi 1923-tól Magyarország fődelegátusa volt a Népszövetségben, revíziót és népszavazást követelt a vegyes lakosságú területeken.