Korabeli iratok szerint a fatemplom mellé építették fel az iskolát, amely földszintes, többszobás, szalma- vagy nádtetős, vályog-, illetve faépület lehetett. Kezdetben elemi oktatásnak és alsó gimnáziumi évfolyamoknak adott helyet. Az iskola a fatemplommal együtt 1678-ban leégett, majd 1753-ban Kecskemét földesurának, Koháry Istvánnak a támogatásával már kőből épült meg.
Varga Nándor a kecskeméti oktatás szempontjából fontosnak nevezte, hogy az iskola - kisebb-nagyobb szünetekkel - az 1948-as államosításig működött. Akkor három iskolát vontak össze: a református, a piarista és egy állami iskolát, amelyekből indult a Katona József Gimnázium – mondta a lelkész, hozzátéve, hogy az állam és az egyház közötti megállapodás alapján a katolikusok több iskolát tarthattak meg.