2020 januárjában figyelmeztetett, hogy a meleg gyermekek szüleinek elítélés helyett támogatniuk kell gyermeküket. Egy 2023 januári, Associated Pressnek adott interjúban kifejtette, hogy a homoszexualitás kriminalizálása igazságtalan, és a katolikus püspököknek üdvözölnie kell a melegeket az egyházban, hiszen ők is Isten gyermekei. Mint fogalmazott: a homoszexualitás „nem bűncselekmény. Igen, viszont bűn.”
Elítélte a genderszakokat is, a gender-elméletet pedig korunk „legveszélyesebb ideológiai gyarmatosításának” nevezte. Hozzátette: azon elméletek, amelyek szerint a nem egy spektrum, nem fogadják el a teremtés rendjét. Sőt, arra is rámutatott, hogy
nem szabad összemosni a nem heteroszexuális emberek lelkipásztori igényeinek ellátását a gender-ideológia elfogadásával.
A transzneműséggel kapcsolatban 2016-ban, Azerbajdzsánból hazafele leszögezte, hogy a nemváltás rossz, de a transzneműeknek is ugyanolyan lelkipásztori segítség jár, mint másoknak.
Hozzátette: „Az élet élet, és úgy kell elfogadni a dolgokat, ahogy jönnek. A bűn az bűn. A tendenciák vagy hormonális eltérések” problémákat hoznak létre, „és nem mondhatod, hogy minden ugyanolyan, rendezzünk partit. Nem.” A pápa megjegyezte: a személyt be kell fogadni, integrálni kell, a helyzetet pedig elemezni. Majd az újságíróknak kijelentette: