Ahogy az állam egyre messzebb viszi az iskolafenntartót az aktív közösségektől, meg is nőtt az igény az ilyenek iránt. Az iskolát működtető közösségek természetesen lehetnek egyháziak is, így fontos helyük lehet az oktatási palettán. Bár nincsen könnyű dolguk, nem kerülhetik meg a választ néhány kifejezetten fogós kérdésre, például arra, hogy szükséges-e, hogy a tantestület minden tagja hívő legyen (és ha igen, akkor azt ki ítéli meg), vagy akár arra, hogy el lehet-e csapni egy gyereket egy keresztény iskolából? (Ez utóbbi komoly dilemmája volt az egyik első ökumenikus iskolának a 90-es évek elején, és a tantestület végül amellett döntött, hogy senkire nem mondhatják azt, hogy lehetetlen megváltoznia, így ki sem tehetik.)
Jelenleg azonban az egyházi intézmények mögött többnyire nincsen aktív, élő közösség, a szülők többsége nem templomba járó, nem aktív hívő. A helyzeten az állam szerepvállalása nem segít, inkább ront. Az egyházi iskolák Horn Gyula vatikáni megállapodása óta hasonló finanszírozásban részesülnek, mint az állami intézmények, így fenntartásuk terhei nem a közösségeket, hanem az állam egészét terhelik (miközben a jellemzően aktív közösségek által létrehozott alapítványi iskolák az államtól csak a költségeik jóval kisebb kapják meg).”