Ha az nem lenne elég, hogy Kissinger nagyban hozzájárult a közel-keleti fegyverkezési verseny, a „petrodollár”-függőség, az iráni radikalizáció és a Teherán-Rijád konfliktus kialakulásához, van ennél egy nagyobb bűne is. Greg Grandin szerint a diplomatának az iszlamizmus megerősödésében is szerepe volt. Afganisztánban az 1973-as puccs után egy szekuláris, köztársaságpárti, de enyhén szovjetbarát kormány került hatalomra. Az USA-nak és Iránnak ez nem tetszett. Az Egyesült Államok Iránon keresztül próbálta meg rávenni a kormányt, hogy fejlesztési segélyekért cserébe adja fel szovjetbarátságát. Ezzel még sok baj nem lett volna. Mindeközben azonban az iráni titkosrendőrség, a SAVAK, pakisztáni párjával, az ISI-vel vallási radikálisokat kezdett támogatni Afganisztánban, hogy destabilizálja a hatalmat. Kissinger ekkoriban Pakisztán katonai támogatásának újraindítását támogatta. Hozzáférhető bizonyíték nincs, hogy közvetlenül Kissinger vette volna rá az iráni és pakisztáni titkosszolgálatokat Afganisztán destabilizációjára. Térségbeli tevékenysége azonban közvetetetten hozzájárult a dzsihádizmus fellángolásához. Irán támogatása, az újraindított katonai kapcsolatok Pakisztánnal, a szaúdi fegyverüzletek mind elősegítették a mostani helyzetet.
A korai '70-es években az iráni sah egy szovjet ellenes szövetséget próbált létrehozni a térségben, amelyet az USA természetesen támogatott. Ekkoriban a SAVAK és a CIA szorosan együttműködött. Ezen felül a titkosszolgálatok néha bevontak földalatti iszlamista csoportokat, akik ugyan szovjetellenesek voltak, de megvoltak a saját céljaik is. A SAVAK, a CIA és a pakisztániak tevékenyen részt vettek az 1973-as és 1974-es sikertelen fundamentalista puccsokban, úgymint a 1975-ös Panjshir-völgyi iszlám felkelésben. Ezek az események vetették meg a '80-as évek dzsihádjának alapjait.”