1982 szeptemberében következett Begin miniszterelnökségének legnagyobb botránya.
Szeptember 16 és 18 között az IDF-fel szövetséges falangisták – maronita keresztény nacionalisták – lemészároltak a szabrai és satilai menekülttáborokban több száz – egyes források szerint több ezer – palesztin és libanoni síita menekültet. Izraeli források 700-800 halottról tudtak, s bár összesen 1300 halotti anyakönyvi kivonatot állítottak ki, a Vörös Félhold 2000 áldozatról beszélt. A legnagyobb becslés szerint 3500, a legóvatosabb becslés szerint 460 civil halt meg.
A mészárlás kapcsán több vizsgálóbizottság is alakult, melyek mind megállapították Izrael felelősségét.
Az ENSZ vizsgálóbizottsága szerint az IDF mint megszálló hatalom felelős volt a történtekért. 1983 februárjában pedig egy izraeli vizsgálóbizottság állapította meg, hogy bár az IDF tisztában volt azzal, hogy zajlik a mészárlás, nem lépett közbe, és így közvetve felelős volt a tettekért. A történteként Ariel Saron védelmi miniszter (később, 2001 és 2006 között miniszterelnök, a Gázából való izraeli kivonulás végrehajtója) lemondott.
A mészárlás tüntetések sorozatát hozta el Izraelben, Begint személyesen tették felelőssé nem csak a civil áldozatokért, de az egyre növekvő izraeli katonai veszteségekért is (a háborúban összesen 654 izraeli katona esett el). Begin állapotán nyilván nem segített rossz egészségi állapota, illetve a tény, hogy 1982 novemberében, miközben ő éppen egy washingtoni látogatáson vett részt, elhunyt felesége, Aliza Begin. 1983 októberében mondott le és adta át a vezetést Jicak Samirnak.