Luther tanításainak a magyar jogtudós kezdetektől fogva ellenzője volt, részben vallási meggyőződésből, részben pedig politikai okokból. Werbőczy előre látta amit mi utólag tudunk, hogy
ez a konfliktus rövid távon nem az egyház megreformálásához, hanem hosszútávon a kereszténység szétszakadásához, európai vallásháborúkhoz vezet,
éppen akkor, amikor a legnagyobb egységre volna szükség, hiszen az Oszmán hódítás veszélye soha nem volt még fenyegetőbb. Werbőczy a birodalmi gyűlésre menet már Bécsben saját költségén kinyomtattatott egy kezébe került firenzei vitairatot, amely éppen a Lutherével szállott szembe, és amit a császárnak ajánlott.
Werbőczy személyesen ismerte a Medici pápát még évekkel korábbról, amikor is II. Lajosnak császárrá történő választása érdekében lobbizott Rómában, most a birodalmi gyűlésről a pápai nuncius elismerő szavak kíséretében tett jelentést a Szentszékhez a katolikus hit védelmében tett buzgóságáról. Elgondolkodtató, hogy Luthert kihallgatni és tanításainak visszavonására idézték meg Wormsbe, a császár és von Pappenheim birodalmi marschal nem tárgyalást akartak, hanem hatalmi fölényből, parancsszóval rákényszeríteni a wittembergi tudóst, hogy megtagadja mindazt, amit addig hirdetett. Ezzel szemben az ott tartózkodó magyarok Werbőczy és Balbi vezetésével viszont megragadva a lehetőséget, vacsorára hívták meg Luthert, hogy vele megismerkedjenek, valamint, hogy őt teológiai- és politikai kérdésekről nyílt vitában, ész érvekkel győzzék meg.
Ugyan részletesen nem ismerjük a lefolyt társalgást, a pápai nuncius azt írta később Rómába, hogy Luther a magyarok meggyőző érveire adott válaszában „nem viselte magát ügyesen”. Másnap Luther a császár és az egész gyűlés előtt, miután ott őt vitatkozni és érvelni nem engedték, a történeti emlékezet és hagyomány szerint azt mondta, hogy „itt állok, másként nem tehetek”, amivel megtagadta, hogy visszavonja hitét, meggyőződését, tanait. A császár kimondta a birodalmi átkot (törvényen kívül helyezést) Luther Mártonra, azonban a protestáló német fejedelmek a védelmükbe vették a prédikátort, amivel kezdetét vette az egész 16–17. századon áthúzódó vallási ellentétek kora Európában, amely Németországban, Franciaországban és Angliában vallási színezetet nyert polgárháborúk sorozatához vezetett.