Elévülhetetlen érdeme volt abban, hogy a Horthy-korszak fegyveres és rendvédelmi szerveiről az 1945 utáni pártállami történetírás több évtizeden át sulykolt torzításai helyett napjainkra hiteles, harag és részrehajlás nélküli kép rajzolódhasson ki.
Történetírói hitvallása alapján a történész nem bíró, ezért nem is bírói ítéletet kell megfogalmaznia. Sokkal inkább az a feladata, hogy bemutassa azokat a körülményeket és helyzeteket, amelyekben a történelem menetét formáló döntések megszülettek. Kísérletet téve belehelyezkedni a korabeli döntéshozók helyzetébe, megpróbálni a rendelkezésükre álló lehetséges információk mentén gondolkodni, mérlegre téve mozgásterüket, valamint kényszerpályáikat. Munkája során szilárdan kitartott azon elv mellett, melyet anyai nagyapja a halálos ágyán bízott rá útravalóként: „Kisfiam, nem tudok neked semmi mást adni az élethez, csak azt, hogy ha igazad van, akkor se hagyd magad, ha fát vágnak a hátadon!”
Jó szakemberként Szakály mindig is tisztában volt azzal, hogy a történeti kutatás eredményeit a szűken vett szakmán túl érdemes a szélesebb közönséggel is megosztani. Ennek fényében súlyt fektetett a tudományos ismeretterjesztésre határon inneni és túli előadások, tévéműsorok és kiterjedt publicisztikai tevékenység formájában. Az utóbbi két évtizedben ráadásul több felsőoktatási intézmény tanáraként is lehetősége nyílott átadni mesterségbéli tudását.