a kegyhelyet kezelő ferencesek folyamatosan összeütközésbe kerültek a püspökkel.
Vinko Puljićot, Vrhbosna érsekét XVI. Benedek pápa magánkihallgatáson fogadta. Ratko Perić mostar-duvnoi püspök – az ő egyházmegyéjének területén található Medjugorje – pedig még 2009 év végén került összeütközésbe Christoph Schönborn bécsi érsekkel, aki nyilvános látogatást tett a kegyhelyen, habár a jelenéseket az egyház nem ismerte el hivatalosan. Az egyházmegye területén 2014-ben kilenc volt ferences élt, akiket a ferences elöljárók elbocsátottak a rendből, és a Szentszék megerősítette elbocsátásukat. Számos joghatósági kérdés is felmerült az ügy kapcsán, elsősorban egyes, a ferencesek által kezelt plébániák miatt, amelyeket az egyházmegye nem adott a ferencesek kezébe.
Igaz ugyanakkor, hogy Ratko Perićnek a délszláv háború óta más típusú sérelmei is voltak: 1995 áprilisában horvát katonák elrabolták, megverték és a ferencesek kápolnájában tartották fogva tíz órán át. Csak Mostar polgármesterének kezdeményezésére, az ENSZ segítségével szabadult ki.