Végül nem töltötte ki első büntetését, és a sors egy érdekes fordulattal is meglepte az őt letartóztató Décsi Gyulával kapcsolatban. 1953-ban, „mikor több mint öt év után a Nagy Imre-féle amnesztiával szabadultam, itthon tudtam meg, hogy Décsi még börtönben van, mert őt a Péter Gábor és társai perben ítélték el. Elnevettem magam, és azt mondtam: »Ha ma találkoznánk, megkérdezném tőle, hogy azt ugyan tisztáztuk, hogy én hol rontottam el az életemet, de mondja, alezredes úr, maga a magáét hol rontotta el?«.”
A börtönből szabadult Lénárd Ödön hivatalosan nem térhetett vissza az egyházi pályára, hiszen nem tette le a kommunista diktatúra által megkövetelt államesküt. Ebben az időszakban kifutóként és
vízóra-leolvasóként kereste a kenyerét, de titokban továbbra is gyakorolta papi hivatását is.
1955-ben társalapítója volt az illegális ciszterci női közösségnek.
A szerzetest néhány évvel később ismét bíróság elé állították: a népi demokratikus államrend megdöntésére irányuló szervezkedés vezetésével és egy titkos keresztény párt megszervezésével vádolták, és 7 év 6 hónapra ítélték. Ezúttal azonban „csupán” bő 2 évet töltött a rácsok mögött, 1963. március 21-én Kádár János ugyanis az országgyűlés előtt bejelentette az amnesztiát. Lénárd hat nappal később ennek révén szabadulhatott.