Lénárdot 1948. július 23-án 6 év börtönre és 10 év hivatalvesztésre ítélték. A Gyűjtőfogházban és Vácon is raboskodott, és 14 hónapot töltött magánzárkában. Lelki erejét jól mutatja, hogy a zárka magányában nemhogy megtört volna, hanem kibontakoztatta magában a vers erejét. Költő lett, verseit – íróeszköz híján – fejben alkotta meg, és memorizálta. Később mintegy 150 költeményt hívott elő az emlékezetéből.
Végül nem töltötte ki első büntetését, és a sors egy érdekes fordulattal is meglepte az őt letartóztató Décsi Gyulával kapcsolatban. 1953-ban, „mikor több mint öt év után a Nagy Imre-féle amnesztiával szabadultam, itthon tudtam meg, hogy Décsi még börtönben van, mert őt a Péter Gábor és társai perben ítélték el. Elnevettem magam, és azt mondtam: »Ha ma találkoznánk, megkérdezném tőle, hogy azt ugyan tisztáztuk, hogy én hol rontottam el az életemet, de mondja, alezredes úr, maga a magáét hol rontotta el?«.”
A börtönből szabadult Lénárd Ödön hivatalosan nem térhetett vissza az egyházi pályára, hiszen nem tette le a kommunista diktatúra által megkövetelt államesküt. Ebben az időszakban kifutóként és