Kudar kisebbik fia – visszaemlékezése szerint – egyetlen alkalommal látta sírni édesapját: 1944. március 19-én, a német megszállás napján. „Könnyekkel a szemében jött haza. Nagyanyám megkérdezte: »Lajos! Az isten szerelmére, mi történt?« A mai napig emlékszem nagyanyám döbbent tekintetére, amikor apám azt válaszolta: »Most veszett el Magyarország!«”
A megszállás minden korábbinál nehezebb helyzetet teremtett az ÁVK munkatársai számára, akik az életük kockáztatásával hajtottak végre egy sor merész küldetést. Olyan iratokat, névsorokat csempésztek ki a Gestapo budapesti központjából és a német követségről, amelyek tervezett letartóztatásokról és házkutatásokról szóltak. A magyarok mellett sok külföldi állampolgár is
Kudarnak köszönhette az életét, többek között a brit hírszerzés és a lengyel Honi Hadsereg magyarországi képviselője.
1944 szeptemberében Kudar feladatául kapta, hogy Korondi és Nyerges századosokkal a legnagyobb titokban készítse elő a fegyverszünet lehetőségéről tárgyaló delegáció útját. Horthy Miklós kormányzó és ifj. Horthy Miklós, a titkos Kiugrási Iroda vezetője Kudart bízta meg a Faragho Gábor csendőr altábornagy vezette hivatalos fegyverszüneti küldöttség Moszkvába juttatásának megszervezésével. Alapos előkészítés és helyszíni szemle után fegyveresen kísérték a delegációt a szlovákiai Zólyomba, ahol egy szovjet tiszti bizottság várta őket. Faraghóék innen repülőn jutottak el a szovjet fővárosba. Távollétük idejére az ÁVK egy úgynevezett álcázó szemlekörutat szervezett, hogy Faragho altábornagy eltűnése ne keltsen gyanút.
A fegyverszünet tényleges megkötését az 1944. október 15-i sikertelen kiugrási kísérlet és a német segítséggel végrehajtott nyilas hatalomátvétel megakadályozta. Kudar a helyén maradt, és folytatta embermentő tevékenységét. Rendszeresen eljuttatta a nyomozó szervek által letartóztatni tervezett személyek neveit tartalmazó listákat a Magyar Front vezetőihez, és több száz embert látott el hamis okmányokkal. Máskor fegyveres erővel akadályozta meg, hogy a nyilasok zsidókat hurcoljanak el a védett házakból.