A nyár beköszöntével azonban megérkezett az orosz intervenció és a magyar szabadságharc helyzete egyre kilátástalanabbá vált. Allaga Imre követte az országgyűlést Pestre, Szegedre majd végül Aradra is, onnan Lugosra menekült, majd értesülve arról, hogy Görgei ott állomásozik, társaival együtt Világosra ment. Világos felé menet útközben összetalálkoztak a már menekülő Kossuth Lajossal, ők azonban Görgeyhez mentek, Bartal György javaslatára pedig az oroszoknak tervezték megadni magukat, hasonlóan a hadsereghez – jelezve, hogy nem a császár győzte le őket, hanem az orosz beavatkozás túlereje. Azonban fülükbe jutott, hogy az orosz tábor nem állítja meg az arra haladó kocsikat és Allaga Imrének kedve támadt hazamenni szeretett családjához. Szerencsésen át is jutottak kocsival az orosz táboron, majd a második faluba érve betértek egy kocsmába, hogy valami meleg ételt vegyenek magukhoz. Mielőtt továbbálltak volna,
egy németül értő orosz tisztnek kifejtették, mit jelent a szabadság és az alkotmány,
amikért ők küzdenek, elpanaszolták a bécsi udvar gaztetteit, amaz pedig „részvevőleg nyilatkozott”.
Allaga Imre ezután visszatért Bajára, hogy láthassa családját, de sokat nem időzött ott sem: este érkezett és hajnalban már el is hagyta a várost, bujdosni kényszerült. A késő őszi hidegben azonban megbetegedett és emiatt egy éjszaka gyógyulása végett visszaszökött családjához – itt alig egy hét elteltével elfogták, néhány hétre börtönbe zárták, majd apósának kezessége mellett szabadon engedték. A vádak súlyosak voltak ellene, hiszen részt vett a trónfosztó országgyűlésen, másrészt, szintén a szabadságharc idején toborzás céljából proklamációt intézett választókerületének polgáraihoz, melyben – többek között – hitszegőnek és képmutatónak nevezte a Habsburg királyi családot. Többszöri kihallgatása után végül a katonai törvényszék kötél általi halálra és vagyonelkobzásra ítélte.
Haynau azonban, mielőtt felmentették volna állásából, utolsó napján másokkal együtt neki is kegyelmet adott