„Kellett tehát a mi kormányunknak is seregünk szaporításáról gondoskodni, melynek folytán elhatároztatott, hogy a Verbászi tábornak egy részét Jellasics ellen működő táborunkhoz átállítják. Hogy pedig ezek hamarébb és pihenten érkezhessenek fel, az is elhatároztatott, hogy gőzhajó után akasztandó sleppeken és gabonás hajókon szállíttassanak fel, és én lettem kiküldve ily hajók requisitiójára, és a szállítás elintézésére, és csakugyan e módon is eszközöltem a felszállítást.”
A schwechati csata után az országgyűlés úgy döntött, hogy Pest-Budáról Debrecenbe helyezi át magát és a kormányt is, Allaga Imre pedig szerette volna magával vinni feleségét is – felesége azonban pont akkor mosott, a vonat hajnalban indult volna Szolnokra, utána pedig felszedték a síneket. A vizes fehérneműt tehát becsomagolták, majd Szolnokon egy tisztes pékmester feleségénél szárítgatták meg. Végül a nagy téli hideg ellenére eljutottak Debrecenbe, ahol tisztességes szállást találva berendezkedtek. Itt ülésezett az országgyűlés május végéig, Allaga Imre pedig
tagja lett a független, önálló, demokratikus Magyarországot követelő Radicál Pártnak.
A nagy tavaszi győzelmeken felbátorodva azután a többi országgyűlési képviselővel együtt mondta ki ő is a Habsburg-ház trónfosztását. Allaga Imre így emlékezett erre: „Nagy volt az öröm Debrecenben, s ennek kapcsán történt aztán, hogy a detronisátiót Kossuth indítványára nyilvánosan a kálvinista nagytemplomban tartott parlamenti ülésben kimondottuk.” Biztos volt benne, hogy a magyar ügy többé nem bukhat el.
A nyár beköszöntével azonban megérkezett az orosz intervenció és a magyar szabadságharc helyzete egyre kilátástalanabbá vált. Allaga Imre követte az országgyűlést Pestre, Szegedre majd végül Aradra is, onnan Lugosra menekült, majd értesülve arról, hogy Görgei ott állomásozik, társaival együtt Világosra ment. Világos felé menet útközben összetalálkoztak a már menekülő Kossuth Lajossal, ők azonban Görgeyhez mentek, Bartal György javaslatára pedig az oroszoknak tervezték megadni magukat, hasonlóan a hadsereghez – jelezve, hogy nem a császár győzte le őket, hanem az orosz beavatkozás túlereje. Azonban fülükbe jutott, hogy az orosz tábor nem állítja meg az arra haladó kocsikat és Allaga Imrének kedve támadt hazamenni szeretett családjához. Szerencsésen át is jutottak kocsival az orosz táboron, majd a második faluba érve betértek egy kocsmába, hogy valami meleg ételt vegyenek magukhoz. Mielőtt továbbálltak volna,
egy németül értő orosz tisztnek kifejtették, mit jelent a szabadság és az alkotmány,