Az egyre szaporodó összetűzések, feljelentések és a fokozott gyanakvás nyomán 1945. január 8-án hajnalban csendőrök és fegyveres pártszolgálatosok csaptak le a Vilmos laktanyára. Mintegy 120-150 embert letartóztattak, és az Andrássy út 60-ba vitték őket. Aki tudott, menekült, és voltak, akik a korábban hozott biztonsági intézkedéseknek köszönhetően nem tartózkodtak a helyszínen.
Gidófalvy elkerülte az őrizetbe vételt, ám a források utoljára 1945. január 10-én említik a nevét. Sorsát ettől a pillanataitól kezdve homály fedi.
Eltűnéséről és halála feltételezett körülményeiről számos találgatás látott napvilágot. A zászlóalj felszámolása után társaival azt tervezték, hogy átjutnak a fronton a szovjetekhez. Vannak, akik úgy vélik, ekkor esett el vagy veszett nyoma. Más források szerint nem került sor a kísérletre, mert nem jelent meg a megbeszélt találkozóhelyen. Egyes visszaemlékezések arra engednek következtetni, hogy Gidófalvy és bajtársai megkísérelték megmenteni a robbantásra előkészített Erzsébet hidat, és az akció közben vesztették életüket.