Nemrég kiderült, hogy utasította Gerhard Müller bíborost, a Hittani Kongregáció vezetőjét arra, hogy rúgjon ki három munkatársat a kongregációból. Amikor Müller végre elérte, hogy Ferenc pápa fogadja, és kifogásolta, hogy három szerinte nagyszerű munkatársát rúgatja ki a pápa indoklás nélkül, a pápa a hírek szerint annyit válaszolt: én vagyok a pápa, megtehetem.
Még pontifikátusa kezdetén Ferenc pápa vizsgálatot indított a Szeplőtelen Fogantatás Ferencesei ellen, akik arról voltak ismertek, hogy rendszerint a szentmise kivételes formáját, a tridenti rítust celebrálják. 2013 óta Ferenc pápa kézivezérléssel irányítja a rendet.
A dubia
Úgyszintén a mai napig nem hajlandó egyértelmű és hivatalos választ adni négy magasrangú bíboros dubiájára, azaz hivatalos formában megfogalmazott kérdésére arra vonatkozólag, hogy miként kell értelmezni az Amoris Laetitia című, 2016-ban kiadott apostoli buzdításának egyes kitételeit (főleg egy lábjegyzetet), amelyek önmagukban félreértésre adnak okot azzal kapcsolatban, hogy áldozhatnak-e az elváltak és újraházasodottak.
Az ilyen bizonytalanságokra, amelyek nem szoktak felbukkanni pápai megnyilatkozásokban, általában az a válasz, hogy az egyház hagyományával összhangban álló olvasat a helyes, ugyanakkor a német püspökök és sokan mások is máris úgy értelmezik a szöveget, mint ami engedélyezi az áldozást az említettek számára.
Ferenc pápa nagyon felháborodott a négy bíboros kérdésén, amely egyébként régi egyházi hagyományt követett, habár régóta nem volt precedens arra, hogy nyilvánosságra hozzanak egy dubiát. A négy bíboros (Carlo Caffarra, Raymond Burke, Walter Brandmüller és Joachim Meisner) azért döntöttek a nyilvánosságra hozatal mellett, jóval azután, hogy a dubiát megküldték a pápának, mert így remélték, hogy esetleg választ kapnak.
Ferenc pápa és köre azzal védekezik, hogy mások már választ adtak a dubia kérdésére, miközben annak épp az a lényege, hogy végső és egyértelmű választ csak a pápa adhat, mivel neki van megfelelő felhatalmazása rá, minden más magyarázat kétségbe vonható.