Ferenc pápáról a konklávé után azt írták a lapok, hogy Buenos Aires-i érsekként kiváló menedzsernek bizonyult. Ezt a képességét a Vatikánban is kamatoztathatja. Sandro Magister szerint azonban számos autokrata döntést is hozott: például annak ellenére, hogy a Vatikán törvényei szerint a Vatikánvárosi Állam (azaz az Apostoli Szentszéknek otthont adó független állam) kormányzója (aki nem azonos a vatikáni államtitkárral) világi személy is lehet, és hogy többször hangsúlyozta a világiak szerepének fontosságát, Ferenc egy pap bizalmasát, az argentin Fernando Vérgez Alzagát nevezte ki a posztra, akit azonnal püspökké is szentelt, és megbízta a vatikáni polgárok lelkipásztori ellátásával, kivéve ezt a feladatot annak kezéből, akihez hagyományosan tartozik, a Szent Péter-bazilika „plébánosától”, Angelo Comastri bíborostól, aki egyben Vatikánváros
általános helynöke is (azaz a püspök helyettese, így értelemszerűen a polgárok lelkipásztori igényeinek ellátója).
Más esetekben Sandro Magister szerint Ferenc pápa
olyan személyeket nevezett ki különféle posztokra, amelyek élő tagadásai a Vatikáni rendrakási programnak, és annak ellenére is megtartotta őket, hogy többen is figyelmeztették őt a kinevezések aggályos voltára. Algaza például annak a Legio Christi mozgalomnak a tagja, amelynek vatikáni patrónusa Angelo Sodano bíboros. A Legio Christi alapítióját, Marcial Maciel Degolladót XVI. Benedek kettős életmódja (családja volt és pap volt egyszerre) és szexuális visszaélései miatt felfüggesztette, majd a szervezet átfogó ellenőrzését, azaz apostoli vizitációját rendelte el. Ezzel összeütközésbe került Sodano bíborossal. Ferenc pápa megválasztásának legfőbb motorja viszont maga Sodano volt. Magister szerint jó példa még Battista Ricca érsek, akit a pápa a vatikáni bank prelátusának nevezett ki, és miután informálták kérdéses múltjáról, miszerint Uruguayban, montevideói dipomataként homoszexuális viszonyokba
keveredett, a pápa megerősítette belé vetett bizalmát, sőt az ő ügye kapcsán mondta emlékezetes mondatait Brazíliából hazafelé a repülőn: ki ő hogy elítéljen bárkit is? Hozzátette: kivizsgálták az ügyet és nem találtak semmit. Másik példaként a vatikanológus Francesca Immacolata Chaouquit hozza fel, akit a vatikáni pénzügyi intézmények újjászervezéséért felelős bizottság tagjává nevezett ki a pápa július 18-án, miközben valószínűleg a Benedek pápa alatti kiszivárogtatási botrány egyik
aktív résztvevője volt. Sandro Magister szerint a PR-os hölgy közvetlen kapcsolatban állt Gianluigi Nuzzival, a bizalmas pápai iratokat közlő La Repubblica újságírójával.