Meglátása szerint a szovjet típusú rendszer egyik alapvonása az volt, hogy jutalmazta azokat, akik közel álltak bizonyos politikai csoportokhoz. Állítása szerint a rendszerváltást követően megszűnt ugyan az egypárti jutalmazási mechanizmus, de helyette több nagyobb tábor alakult ki, amelyek a saját embereiket igyekeztek akadémikussá tenni. Úgy fogalmazott, hogy emiatt az akadémikusok között bár vannak kiváló tudósok, a tagság több mint fele minimális idézettséggel rendelkezik, és különösen a jogi-társadalomtudományi osztályokban érzékelhető nagy teljesítménybeli torzulás.
Azt is állította, hogy a tagság kiválasztása nem a tudományos teljesítmény alapján történik, hanem belső lobbin múlik, kifejezetten a társadalomtudományi területeken. Pokol szerint az Akadémia ezekben a körökben „teljesen átpolitizálódott”, és úgy látta, hogy egyes osztályok a baloldalhoz húznak, így csak azok kerülhetnek be, akik egyes csoportok támogatását élvezik.
Azt is elmondta, hogy egyes tagok tudományos idézettsége annyira alacsony, hogy normál körülmények között nem kerülhetnének be az Akadémiára,
ám belső machinációk és lobbik révén mégis akadémikussá váltak. Ezért hangsúlyozta, hogy az objektív mérőszámokat – például az idézettséget – kellene alapul venni a tagság eldöntésénél.
Véleménye szerint Magyarországon a tudományos életben nem alakult ki valódi kutatói autonómia sem, mert a rendszer a lobbisták kezében van. Pokol úgy vélekedett, hogy a teljes akadémiai és egyetemi szféra kapcsolati hálókra és belső érdekcsoportokra épül, ahol egyes csoportok döntik el, ki milyen támogatást kap, kik legyenek a vezetők, és hogyan osszák el a forrásokat.