Nem sokáig szolgálhatott azonban hivatásában: 1975-ben az állami hatóságok eltiltották papi tevékenységétől,
ezt követően egészen 1989-ig a Skoda gyárban dolgozott tervezőként. Már amikor szabadlábon volt.
E másfél évtized során ugyanis titokban végzett szerzetesi szolgálatokat, fenntartotta kapcsolatát rendjével, képezte magát és előbb tartományi vikáriusként működött, majd a szeminaristákat tanította. Részt vett a földalatti vallástudományi intézet létrehozásában, közben különböző foglalkozásokat szervezett a domonkos lelkiség iránt érdeklődő fiataloknak. Mindez pedig nem maradt büntetlenül: 1981-ben illegális vallási tevékenység miatt a kommunista államhatalom 15 hónap börtönbüntetésre ítélte. A pilseni börtönben raboskodva neki is jutott híres fogolytárs: a karhatalom itt „vigyázott” Václav Havel íróra is, aki később a szabad Csehország elnöke lett. Erre az időszakra visszaemlékezve később a Mandinernek nyilatkozva úgy fogalmazott:
Nekem, aki rabságot is elszenvedtem az igazságért, személyes tapasztalatom, hogy abban a helyzetben gyakran merül fel a kérdés: »Ki a rab valójában?«
Nem volt egyértelmű, hogy mi vagyunk azok, vagy azok, akik rács túloldaláról néznek ránk…”
A cseh egyház élén
Dominik Dukát a börtön sem törte meg, szabadulása után ugyanúgy folytatta lelkekért vívott harcát. Nemsokára már a cseh- és morvaországi domonkos provincia (rendtartomány) elöljárójaként működött, a rendszerváltást követően pedig az országban (akkor még Csehszlovákiában) működő valamennyi szerzetesrend elöljáróit összefogó intézmény elnöke lett. Nem szakadt el a tanítástól sem, 1990 és 1999 között a Morvaország lelki-szellemi központjának számító Olmützben oktatott a Palacký Egyetem teológiai fakultásán.
Életművében kiemelkedő évszám 1998: Szent II. János Pál pápa ekkor nevezte ki szülővárosa püspökévé. Nagy lelkesedéssel fogott hozzá főpásztori feladataihoz: felrázta a bő négyszázezer hívővel bíró egyházmegye lelki életét, nagy hangsúlyt fektetve arra, hogy az oltáriszentség újra a hívek figyelmének – és nem utolsósorban hitéletének – középpontjába kerüljön. XVI. Benedek pápa azonban új, még nagyobb feladattal bízta meg, amikor 2010-ben Prága érsekévé nevezte ki, majd két esztendő múltán bíborossá kreálta. E minőségében
nem félt felvállalni azokat a konfliktusokat, amelyeket az erősödő liberális nyomásnak való ellenállása váltott ki.
Ha szükség volt rá, megtiltotta azt, hogy a Prague Pride rendezvénysorozatának részeként egy prágai plébánia legyen házigazdája az LMBTQ-lobbi programjainak, miközben szüntelenül érvelt – jeles teológiai felkészültséggel – az egyház társadalmi tanításának érvényessége mellett.