Sziszi elnöki tevékenységét több kritika is érte, köztük korábbi támogatói közül is, de ezek a kritikák is alapvetően pozitívnak ítélik.
A kormányzással kapcsolatos kritikák három fő csoportba oszthatóak; kormányzás szerkezetével és a hosszú távú jövőkép hiányával, valamint a változások lassúságával kapcsolatosak.
A kormányzás szerkezete
Míg az elnökválasztás előtt sok civil politikus vette körül Sziszit, addig sokak szemében negatív változás, hogy többnyire katonákkal vagy volt katonákkal veszi magát körül, teljesen a hadseregre támaszkodik, a civil politikusok és szakértők gyakran háttérbe szorítva érzik magukat. Bár Egyiptomban az államfő katonai múltja és tekintélye fontos, mind Nasszer, mind Szadat kormányzatára jellemző volt az, hogy a vezetés, a kormány, valamint az államfő szűkebb környezete nagy része nem rendelkezett katonai múlttal, mint ahogy Mubarakra is jelentős hatással voltak a civil szakértők.
Sokan párhuzamot vonnak a történelmi példákkal, mely szerint mind Mubarak, mind Szadat kormányzásukat demokratikus jelszavak hangoztatásával kezdték, ígéretet tettek, hogy legfeljebb két ciklusig maradnak hatalomban, hogy tiszteletben tartják a szólásszabadságot, hogy megreformálják a gazdaságot, valamint hogy Egyiptomot az „intézmények országává” alakítják át. Hamarosan mindkét vezető autokratává vált.
Korai megítélni még hogy Sziszi kormányzása vesz-e ilyen fordulatot, de vannak, akik aggódnak e miatt, mivel tartanak bizonyos előjelektől és tendenciáktól.
Már 2014-ben meg kellett volna alakulnia a választott parlamentnek, de a választások még mindig nem zajlottak le. Bár Egyiptomban 1866 óta van parlament, de az államfők rendszerint háttérbe szorították jelentőségét, illetve a politikai alkuk rendszerét és parlamentet inkább tehernek érezték, mint a politikaformálás színterének.
Az átalakulás lassúsága:
Nagyon fontos szimbolikus gesztus volt, hogy negyven éve először vett részt államfőként kopt karácsonyi misén egyiptomi államfő. Egy arab országban, ahol a szimbolikus politikának, és jelképes személyes jelenlétnek nagyon nagy, az európai kultúrához viszonyítva jóval nagyobb fontossága van, ez a részvétel nagyon jelentős tettnek számított.