Mindemellett problémás a joghatóság kérdése is. Ugyanis mennyiben kell figyelemmel lenni a parti tenger határvonalára a szomáliai kalózok üldözésekor? Csak funkcionáló, valódi államoknak lehet parti tengerük, így Szomália, mint bukott állam (failed state) valójában nem is tarthatna igényt a nemzetközi jog által biztosított 12 tengeri mérföldes sávra. A nemzetközi jog szerint ugyanis államról akkor beszélhetünk, ha egy meghatározott terület, az állandó lakosság felett szervezett politikai hatalom gyakoroljon tényleges hatalmat. Minthogy Szomália szuverenitása a fentiekben kifejtettek miatt egyébként is kérdéses, a parti tengeren való joghatóság-gyakorlásra vonatkozó igényt sem kell komolyan venni. További nehézséget okoz az is, hogy a kalózokkal szembeni ún. rendfenntartó (law enforcement) műveletekben nem a nemzetközi hadijog szabályai alkalmazandók, hiszen nincs szó katonai értelemben vett fegyveres konfliktusról, különösen nem államok közötti, valamiféle deklarált háborús helyzetről. Azonban az elmúlt évek eseményei bebizonyították ugyan, hogy az államok készek cselekedni és joghatóságukat gyakorolni azokban az esetekben, amikor nemzeti lobogójuk alatt közlekedő hajót éri kalóztámadás. A gond inkább abból adódik, ha a kalózellenes nemzetközi műveletekben résztvevő hadihajónak más állam lobogója szerinti hajót kell megvédenie.
A kalózok egyértelműen a szó klasszikus értelmében vett bűnözők, akiknek büntetőjogi felelősségre vonása a cél: ha hadifoglyok lennének, fogva tartásuk célja nem a megbüntetésük lenne, hanem a harci cselekményektől való távol tartás, a harci cselekmények befejezése után pedig szabadon kellene engedni őket. Különböző nemzeti jogi korlátokra és nemzetközi szerződésekben vállalt kötelezettségekre hivatkozva a kalózkodás visszaszorításában egyébként érdekelt országok vonakodnak vállalni a büntetőjogi felelősségre vonással járó terheket.”