Az egy ideig már a középkorban egyetemmel rendelkező Pécsen aztán megszakadt a humanizmus kora: Mohács után a törökök hamar megtelepedtek a kellemes városban, és a maguk képére formálták. Evliya Çelebi, az ékesszólás – és nagyotmondás – török mestere így regélt a korabeli Pécsről Karácson Imre fordításában: „A városban magyar, bolgár, szerb, görög, őrmény és frenk nincs, de zsidó van. Összesen 2200 iszlám háza van, melynek alacsonyabb-magasabb, régies alaku szép kőépületek s leírásukra a nyelv elégtelen. Minden háznak a tetejét megannyi díszes, rózsaszínü cserép fedi, úgy, hogy ilyen cserepeket egy országban sem láttam. Középszerü házai azonban itt-ott deszkazsindelylyel vannak fedve. […] Minden házban szőllők, kertek, vízmedenczék és szökőkutak vannak. Összes utczái sakktábla festése szerint lerakott főutak, úgy, hogy bármely irányba nézünk, ezek az útak a városnak egyik végétől a másikig meglátszanak. Két oldalról véges végig széles kövü, régi kövezetü, igen tiszta gyalogjárók vannak. A fő közúton a város előkelőinek negyven palotája van.”
A török kiűzése után ismét az alapoktól, a romokból kellett újjáépíteni Baranya székhelyét.
Magyar, német, rác lakosság népesítette be újra, s a püspöki központ is elkezdte a fizikai és szellemi építkezést a barokk korban. Az újra takarossá váló kisváros a 19. század második felére dübörgő ipari központtá vált, ahová szerte a birodalomból érkeztek munkások, mesterek, szakemberek és családtagjaik – amivel Pécs a hazai innováció egyik fellegvára lett. E fellegvár egyik bástyája pedig a Zsolnay-gyár volt, amely világszínvonalú újdonságaival és széles termékpalettájával igazi magyar csoda lett az elmúlt másfél évszázadban.