Bár a kommunikáció szerint ezek az „uniós adók” csökkentenék a közvetlen nemzeti befizetések súlyát, a legtöbb bevétel továbbra is a tagállami költségvetéseken keresztül folyna be.
Így a kormányoknak kellene beszedniük, adminisztrálniuk és ellenőrizniük az új terheket, miközben a politikai felelősség és a mozgástér egyre inkább uniós szintre tolódna.
Az Európai Számvevőszék figyelmeztetése szerint az
új rendszer lényegesen bonyolultabb, kiszámíthatatlanabb és költségesebb lehet a tagállamok számára.
A kilenc eltérő bevételi csatorna külön adatgyűjtést, ellenőrzést és beruházásokat igényel, ami különösen a kisebb vagy korlátozott adminisztratív kapacitással rendelkező országok számára jelenthet terhet.