Igaz, Ferenc pápa már egyszer óvatosan elhatárolódott Fernándeztől, amikor a La Stampának adott interjújában a Hittani Kongregáció dokumentumának nevezte a Fiducia Supplicanst, amely engedélyezi a melegpárok informális, nem rituális megáldását. A rendelkezésből nagy vita van: egyesek úgy értelmezik azt, hogy csak egy meleg pár tagjait lehet megáldani külön-külön, a kapcsolatukat nem, hiszen ez van összhangban a katolikus tanítással, mások azonban kifejezetten a melegpárok kapcsolatát kívánják megáldva látni. A dokumentum szövegezése nem segít a tisztánlátásban, hiszen az nem egyes emberekről, nem is kapcsolatról, hanem „párról” ír.
Fernándezzel kapcsolatban egyébként olyan furcsaságok is kiderültek, hogy 1995-ben kiadott egy könyvét Gyógyíts engem a száddal: a csók művészete címmel,
amiben a csókolás művészetének teológiájáról is ír;
illetve egy 1998-as Misztikus szenvedély: spiritualitás és érzékiség című mexikói kötetében láttató érzékiséggel ír a „misztikus orgazmusról”. Később a bíboros azt nyilatkozta, ma már nem írná meg ezeket a fiatalkori munkáit, és azóta komolyabb munkákat adott ki a misztikáról.
Mindenesetre úgy tűnik, Fernández a pápa egyetlen hosszú távú szövetségese és bizalmasa, s egyesek szerint ő képviseli Ferenc pápa hosszú távra szóló teológiai vízióját.