Fernándezt Ferenc pápa nem kevesebb, mint kilenc vatikáni dikasztérium tagjává nevezte ki, azaz ennyi helyen lett a pápa szeme és füle (elődje, Ladaria bíboros öt dikasztériumnak volt tagja). Ezzel a lépéssel Ferenc pápa lényegében fontosabbá tette a Hittani Kongregációt, mint saját államtitkárságát, ami egyébként korábban is bevett leosztás volt, nemhiába nevezték a Hittani Kongregációt La Supremának. Idővel azonban a Vatikán politikai kapcsolatait és diplomáciáját menedzselő államtitkárság vált fontosabbá. Most mintha – szigorúan informálisan – megint a Hittani Kongregáció lenne a fontosabb.
Igaz, Ferenc pápa már egyszer óvatosan elhatárolódott Fernándeztől, amikor a La Stampának adott interjújában a Hittani Kongregáció dokumentumának nevezte a Fiducia Supplicanst, amely engedélyezi a melegpárok informális, nem rituális megáldását. A rendelkezésből nagy vita van: egyesek úgy értelmezik azt, hogy csak egy meleg pár tagjait lehet megáldani külön-külön, a kapcsolatukat nem, hiszen ez van összhangban a katolikus tanítással, mások azonban kifejezetten a melegpárok kapcsolatát kívánják megáldva látni. A dokumentum szövegezése nem segít a tisztánlátásban, hiszen az nem egyes emberekről, nem is kapcsolatról, hanem „párról” ír.
Fernándezzel kapcsolatban egyébként olyan furcsaságok is kiderültek, hogy 1995-ben kiadott egy könyvét Gyógyíts engem a száddal: a csók művészete címmel,