megfogalmazta a Reagan-doktrínát, miszerint meg kell változtatni a passzív amerikai külpolitikát,
és választ kell adni a Szovjetunió által támogatott rezsimek jelentette fenyegetésre Afrikában, Ázsiában és Dél-Amerikában egyaránt. Ennek lényege, hogy támogatást kell nyújtani az antikommunista mozgalmaknak, különösen Nicaraguában, Angolában, Afganisztánban és Kambodzsában.
Krauthammer a Reagan-doktrínáról azt mondta: „Arra jutottam... hogy a szovjetek túl nagyra terjesztették a birodalmukat, és oda jutottak, mint a Nyugat pár évtizeddel korábban a maga túlméretezett birodalmaival: fellázadtak ellenük. A szovjetek most elkezdték ezt érezni, és az Reagan géniusza – bár nem gondolom, hogy előre eltervezetten teszi ezt –, hogy ösztönösen megérezte, hogy a szovjetekkel indirekt módon is szembe lehet szállni: utána mész a vazallusaiknak, a szövetségeseiknek, a klienseiknek, vagy épp Afganisztánban közvetlenül szembeszállsz velük. Ezt nevezem Reagan-doktrínának, ami az ellentéte a Brezsnyev-doktrínának, mely szerint amit mi ellenőrzünk, azt megtartjuk. És Reagan nemet mondott erre.”
Kezdetben úgy gondolkodott az intervencióról: ha nem fenyeget globálisan életbevágó veszély, Amerikának tartózkodnia kell a külföldi katonai beavatkozásoktól. Az akció alapvetően csak akkor helyénvaló, ha az népirtást akadályoz meg. Ezt a nézetét csak a 9/11-es terrortámadások hatására változtatta meg, hiszen az iszlamista terrorizmusra egy teljesen újfajta veszélyként tekintett.
Charles Krauthammer nem szerette, ha neokonzervatívnak bélyegezték, mégis támogatta az afganisztáni és iraki háborút. Az iraki invázió előtt azt írta, hogy „talán nem sikerül”, de hozzátette, „nem engedhetjük meg magunknak, hogy ne próbáljuk meg. Nincs még egy lehetséges alternatív stratégia arra, hogy megtámadjuk a szörnyeteget, ami a 9/11 mögött állt. Ez nem Oszama bin Laden, ez a politikai elnyomás, vallási intolerancia és az arab-iszlám világban található társadalmi romhalmaz katlana. Elnyomás, amelyet legitimáció nélküli rezsimek alakítottak át heveny és gyilkos anti-amerikanizmusba”.