Az athéni kormány azért vétózta meg a líbiai embercsempészet felszámolására szolgáló Sophia misszió műveleti területének kiterjesztését célzó kezdeményezést, mert úgy véli, hogy az uniós hajók megjelenése révén valóban áthelyeződhet Egyiptomra a menekültek áramlásának súlypontja, és ennek következtében Krétán ki kellene alakítani egy nagy menekülttábort, ami visszavetheti a turizmust és ronthatja a közhangulatot a szigeten. Az sem egészen biztos, hogy az EU-nak van-e elég kapacitása arra, hogy az egyiptomi vizekre és akár a helyi kikötőkre is kiterjessze az embercsempész hálózatok elleni küzdelmet.
A Die Welt szerint a kairói vezetés informálisan fenntartásokat jelzett az elképzelésnek az egyiptomi kikötőkre vonatkozó részével szemben, mert attól tart, hogy az uniós művelet miatt sérülhet az ország szuverenitása. Azonban magas beosztású uniós diplomaták a lapnak nyilatkozva hangoztatták, hogy nem vetették el véglegesen a Sophia művelet kiterjesztésének tervét Egyiptom és Kréta felé.