Az ország 1944. március 19-i német megszállása után Richter Gedeon sorsa is tragikusra fordult. Nyáron lehetősége lett volna külföldre távozni, a Vöröskereszt révén ugyanis svájci menlevélhez jutott, ám az idős gyógyszerész mégis maradt. Úgy érezte, hogy a munkájára éppen ebben a vészterhes időszakban van a legnagyobb szükség. Bizakodását erősítette, hogy 1944 augusztusában kormányzói mentességet kapott, így rövid időre ismét újult erővel folytathatta hivatását, a medicinák előállítását. Az 1944. október 15-i nyilas hatalomátvétel után azonban csakhamar érvénytelenítették mentességét.
Sorstársaihoz hasonlóan ő is bujkálásra kényszerült,
egy ideig rokonoknál talált menedékre. 1944. december elején átköltözött a Katona József utca 21. szám alatti házba, amely a semleges svéd követség diplomáciai védelme alá tartozott.