Az ország 1944. március 19-i német megszállása után Richter Gedeon sorsa is tragikusra fordult. Nyáron lehetősége lett volna külföldre távozni, a Vöröskereszt révén ugyanis svájci menlevélhez jutott, ám az idős gyógyszerész mégis maradt. Úgy érezte, hogy a munkájára éppen ebben a vészterhes időszakban van a legnagyobb szükség. Bizakodását erősítette, hogy 1944 augusztusában kormányzói mentességet kapott, így rövid időre ismét újult erővel folytathatta hivatását, a medicinák előállítását. Az 1944. október 15-i nyilas hatalomátvétel után azonban csakhamar érvénytelenítették mentességét.
Sorstársaihoz hasonlóan ő is bujkálásra kényszerült,
egy ideig rokonoknál talált menedékre. 1944. december elején átköltözött a Katona József utca 21. szám alatti házba, amely a semleges svéd követség diplomáciai védelme alá tartozott.
A nyilasok 1944 utolsó napjaiban azonban egyre többször támadták meg a diplomáciai oltalom alatt álló házakat. December 30-án a razziák elérték Richter lakhelyét is. Az idős gyógyszerészt társaival először az Andrássy út 60.-ban található nyilas pártközpontba hurcolták, majd alsóneműre vetkőztetve, megalázva a Duna-partra vitték, és meggyilkolták. Holtteste sosem nem került elő, hozzátartozói a svájci Lugano városában található családi sírboltban jelképes sírt állítottak annak az embernek, akit egész életében a gyógyítás vezérelt, s akit mégis megöltek egy ordas eszme nevében…
*A Nemzet Emlékezet Bizottsága, a Mathias Corvinus Collegium és a Mandiner gondozásában megjelent Magyar hősök kötetben további olyan kivételes emberek élettörténetéről olvashat, akik akár az életüket is kockára tették honfitársaikért, hazájukért.