1705-ben került sor a nagyszabású dunántúli hadjáratra, amely során
Bottyán sorra foglalta el a dunántúli várakat.
Dunaföldvár és Simontornya után Tata és Pápa ormára is kikerült a Pro patriás zászló. Majd Szentgotthárd mellett csatában megverte Heister tábornok seregét. A dicsőséges dunántúli offenzíva Sopron falánál tört meg. II. Rákóczi Ferenc szerint azért, mert az ősz hadvezér nem hallgatott mérnöke tanácsára, valójában, mert hiányzott a tüzérség az ostromhoz.
A kurucok soha nem tudták elfoglalni a legnyugatibb országrészt, Kőszeg és Sopron városával, valamint északnyugaton Győr körzetét. Mosonnál Bottyán, Béri Balogh Ádám és Bezerédy Imre hadai megsemmisítették Secula rác (szerb) vezér seregét. Bottyán számára a megszerzett területek lakossága hűségének fönntartása volt a legfontosabb feladat. Ennek érdekében szigorú fegyelmet tartott katonái között, és megakadályozta a fosztogatást, amellyel kivívta a lakosság egy részének megbecsülését. Föllépett a részegeskedés ellen, mondván, „hogy az én katonáim részegeskedjenek: szemérem (szégyen) volna az énnékem, melyet el nem szenvednék.” Ám a császár tartományainak dúlásával, fosztogatásával neki sem volt kivetnivalója. A fosztogatás és gyújtogatás hozzátartozott a kor hadviseléséhez. Bottyán kegyetlenül föllépett a császárpárti szerbek ellen is. Tevékenységének ezt az oldalát a magyar közvélemény nem tartja számon.
Később a dunántúli hadszíntérről a kritikusabb Vág menti frontra helyezték, ahol sikeresen küzdött a császáriak ellen. El lehet képzelni, a felvidéki katonák miként fogadták Bottyánt. Hiszen híre elterjedt messze a Vág völgyéig! A Rákóczi hadnagya leghíresebb jelenete valóban megtörtént: a Bottyán által kiküldött, Bornemissza János strázsamester vezette felderítő csapat elfogta a császári sereg fővezérét, gróf Maximilian von Starhemberg tábornokot és hadipénztárát. Ilyen szerencse ritkán érte a kurucokat ebben az időben, nem csoda, hogy Bornemissza hamarosan kézhez vehette hadnagyi kinevezését (jóval a szabadságharcot követően Starhemberg bécsi palotájában viszonozta Bornemisszának a vendéglátást, és a grófné egy zacskó arannyal hálálta meg az egykori kurucnak, hogy épségben eljuttatta férjét Bottyán táborába). A vesztes trencséni csata után a fejedelem a bányavárosok felügyeletét bízta Bottyánra, de ez már a szabadságharc hattyúdala volt. Hamarosan pestis tört ki, és
a járvány legyőzte a hatodik évtizede végén járó, nagybeteg generálist.
*
Hogyan ábrázolta II. Rákóczi Ferenc Bottyánt? Emlékiratában így írt róla: „Ez az ember diákból, majd egy jezsuita rendház portásából katonai rangra emelkedett, és olyan vakmerő haditetteket vitt végbe, hogy ezredes lett a császár szolgálatában. Nem volt sem jó származású, sem művelt, ezért igen nyers volt, de józan, éber, szorgalmas. Szerette a népet, és az is rendkívül szerette őt, mert katonáit szigorú fegyelembe tartotta, de mindenkor igazságot szolgáltatott nekik, amikor igazuk volt. A rácok különösen féltek tőle, a németek pedig olyannak ismerték, amilyen volt.” (II. Rákóczi Ferenc emlékiratai. Bp., 1979., Szépirodalmi Könyvkiadó. 111.) Amennyiben a „jó származás” alatt a fejedelem nemesit értett, akkor tévedett. Minden másban a részlet hűen tükrözi mindazt, amit Bottyán jelleméről tudunk.
Bottyánról életében nem készült portré. Egy labanc karikatúra őrizte meg alakját. A későbbi festményeken és szobrokon büszke tekintetű, sasorrú, lelógó bajszú katonát láthatunk, kezében a jellegzetes „Bottyán-fejszével”, amellyel csatába vezette seregét.
És mi igaz Bottyán nagylelkűségéből? A fönnmaradt források tanúsága szerint
buzgón adakozott és kész volt vérén kívül pénzével is támogatni a szabadságharc ügyét.
Bár protestáns családban született, később katolizált, és a szerzetesrendeket is támogatta.
Nem volt Bottyánnál színesebb egyénisége a szabadságharcnak. Hűen kitartott a fejedelem oldalán, amikor annak zászlaját választotta. Nem tudjuk, mi történt volna vele, ha a pestis nem ragadja el 1709-ben. Dezertőrként halálos ítélet született ellene Bécsben. Igaz, Starhembergnek parókája szála sem görbült a fogságban, és ez a tény mellette szólhatott. Ha mégis kegyelmet kap, akkor vajon követte volna a fejedelmet száműzetésbe, vagy a polgárember békességre vágyása legyőzte volna benne a katonát, és visszavonul esztergomi palotájába, szőlejébe – ez már nem derül ki.
Bottyán egyik utolsó képviselője volt egy harcos korszaknak. 1711-ben a szatmári béke nemcsak a szabadságharcot zárta le a magyar rendek számára előnyös kompromisszummal, hanem pontot tett két évszázados permanens háborúskodásra is. A békés gyarapodás, az ország sebeinek begyógyítása új eszmékkel, új emberekkel következett be.