A háború már családos emberként Balatonszepezden érte, ahol segédlelkészként szolgált. Mivel elutasította a totalitárius diktatúrákat, egyértelmű volt számára, hogy Magyarország 1944. március 19-i német megszállását követően csatlakozik a fegyveres ellenálláshoz, és menti az üldözötteket. A nyilas puccs után, mint „államfelforgató, angolbarát kommunistát” rövid időre letartóztatták, majd a háborút követően kiépülő kommunista hatalom is számos eljárást indított ellene.
Gulyás lelkészi szolgálata mellett a demokratikus átalakulás reményében 1945 tavaszán politikai pályára lépett, az 1947-es választásokon kisgazdapárti képviselőjelölt volt. „Amit végzek, magyar református papi kötelességemnek tartom” – írta esperesének 1947 novemberében. Miután 1948 nyarán megtörtént a kommunista- és szociáldemokrata pártok fúziója, Gulyás politikai tevékenységét abbahagyta. Ekkor már a nyugati határ melletti Levél és néhány szomszédos település reformátusainak lelkésze volt, amely terület hamarosan a szigorúan ellenőrzött határsáv része lett.
Az 1956-os forradalom kitörésének híre Csehszlovákiában érte. A felvidéki rokonság és a barátok próbálták marasztalni, de ő mindenképpen haza akart menni, bízva a változásokban. 1956. október 26-án, miután értesült a szörnyű áldozatokkal járó mosonmagyaróvári sortűzről, azonnal a helyszínre sietett. A határőr-laktanya udvarán a sortűz miatt feldühödött tömeg tiszteket ütlegelt, ám Gulyás Lajos nem értett egyet az önbíráskodással, odaférkőzött az egyik csoporthoz, és többekkel együtt kimentett egy határőrtisztet. Ezután átadták az új, városi nemzeti tanácsnak, hogy ítélkezzenek felette.