1950 tavaszán betiltották a rendek működését, de Sándor István továbbra is találkozott a fiatalokkal, kirándulásokat, összejöveteleket szervezett és hittant tanított. 1951. február végén a hatóság tudomására jutott Sándor István illegális tevékenységének egy része. 1952 júliusában társaival együtt letartóztatták, és koholt vádak alapján ítélték el. Az eljárás a pártőrség pere néven híresült el. Sándor Istvánt kötél általi halálra ítélték, amit 1953. június 8-án hajtották végre. Legnagyobb valószínűséggel a Rákoskeresztúri köztemető 30l-es parcellájában hantolták el. A Sándor Istvánra mért halálos ítéletet csak 1994-ben semmisítették meg.
A mártír sorsú szerzetes boldoggá avatásának egyházmegyei eljárása 2006-ban kezdődött és 2007-ben fejeződött be, ez idő alatt számos tanút hallgattak meg. Ennek folytatásaként a szentszéki eljárás 2008-ban kezdődött meg, annak eredményeként végül a bíborosok kollégiumának döntése az idén január 15-én született meg. A pápa március 27-én fogadta Angelo Amatót, és engedélyezte 63 új boldog dekrétumának kihirdetését. Közöttük volt az a dekrétum is, amely elismerte Sándor István vértanúságát. A magyarországi jelenlétük századik évfordulóját ünneplő szaléziak első boldogjukat tisztelhetik a sztálinista egyházüldözés áldozatául esett Sándor Istvánban.