A világi igazgatás kiépülésével szoros kölcsönhatásban folyt a latin rítusú katolikus egyházi szervezet megteremtése is. Számos vidéken a vármegyék megalapítása biztosan megelőzte az egyházmegyékét, és utóbbiak is olyan ütemben jöttek létre, ahogyan István kiterjesztette uralmát az újabb és újabb országrészek felett. Az első magyarországi egyházmegye minden kétséget kizáróan a veszprémi püspökség volt. Az államalapítóhoz köthető második egyházmegye a győri lett, aztán az érseki székhellyé váló esztergomi, majd az erdélyi – első központja Dobokavár lehetett, a székhely a 11. században került át Gyulafehérvárra –, a hamarosan rangemelés révén szintén érsekséggé váló kalocsai, majd a pécsi, az egri, végül pedig a csanádi. Ezt a nyolc püspökséget tekinti napjaink magyar középkorkutatása Szent István-i alapításúnak. A közvélekedés két egyházmegyét, a vácit és a biharit is az ő nevével társítja, ám ezt a források nem támasztják alá. Az egyházmegyékkel egyidejűleg haladt az egyházszervezet alsóbb szintjeinek, a falusi plébániáknak a felállítása – ismeretes, hogy István törvényei értelmében minden tíz falu volt köteles egy templomot építeni –, továbbá szerényebb mértékben a középső szint, tehát a káptalanok és az esperességek létesítése. Mindezeken felül Pécsváradon, illetve Bakonybélen bencés kolostor szerveződött, Veszprémvölgyben és Oroszlámoson pedig keleti rítusú monostorok kezdték meg a működésüket.
Szent István a fiához címzett Intelmeiben fogalmazta meg, hogy a „királyi palotában a hit után az egyház foglalja el a második helyet”. Pontosan tisztában volt ugyanis azzal, hogy népünk megmaradása szempontjából alapvető fontosságú a betagozódásunk a keresztény Európába. Ami voltaképpen 1000 tájékán született meg, hiszen a skandináv népek, a csehek, a lengyelek, az oroszok, illetve a magyarok csaknem egy időben formálódtak barbár népekből keresztény mintájú országokká. Pogányok csupán a Baltikum egyes szláv és balti törzsei, illetve a besenyők maradtak, ám ezek a népcsoportok, leszámítva az államukat a 13. században megalapító litvánokat, később vagy kipusztultak, vagy idegen uralom alá kerültek, és ezzel eltűntek a történelem színpadjáról.
A pogánysággal való szakítás egyértelmű jelének tekinthető, hogy amikor István királlyá koronáztatta magát az uralkodói székvárosában, Esztergomban, attól fogva keresztény legitimáció alapján Isten kegyelméből, azaz Dei gratia eredeztette a hatalmát. Az általa kibocsátott törvénykönyv előszavában is leszögezte, hogy „Isten akaratából” igazgatja az országát, „a régi és új császárok példáját követve”. Ez utóbbi szellemében rendelkezett a magántulajdon védelméről, a keresztény vallás megtartásáról, rögzítette a keresztény hitélet alapvetéseinek – vasárnapi templomba járás, böjt, gyónás stb. – teljesülését, pénzt veretett, királyi tanácsot alakított, okleveleket bocsáttatott ki. Mindezek nem sokban tértek el a korszak más keresztény uralkodói által követett gyakorlatoktól, habár a törvénykönyve előszava is kiemelte, hogy „minden nép a saját törvényei szerint él”.
Szent István törvénykönyve kiemelte, hogy »minden nép a saját törvényei szerint él«”
”A szívós országépítő munkára, amely szükségszerűen együtt járt a belső ellenségekkel való leszámolással, többek között azért nyílt lehetősége Istvánnak, mert okos külpolitikája révén a római pápával, valamint Európa két másik legmeghatározóbb erőközpontjával, a Bizánci Birodalommal és a Német-római Császársággal is jó viszonyt ápolt. Ennek jegyében az 1002 és 1018 között megszakításokkal zajló német–lengyel háborúban a németek oldalára állt, 1015-ben pedig a bizánciaknak nyújtott fegyveres segítséget a bolgárokkal vívott háborújukban, ami 1018-ban az első dunai bolgár birodalom bukásával végződött. Nem volt egyetlen más középkori magyar uralkodó sem, akinek a mindenkori nagyhatalmakkal három évtizedes békés kapcsolatot sikerült fenntartania. Az 1000 és 1001 fordulóján történt királlyá koronázása után csak 1030-ban viselt hadat a németekkel szemben, amikor II. Konrád német-római császár határincidensekre hivatkozva támadást indított Magyarország ellen. A felperzselt föld taktikáját alkalmazó magyarok azonban kiéheztették a seregét, aztán pedig egészen Bécsig üldözték.