A döntés végrehajtása és a kinevezettek személye heves tiltakozást váltott ki az egyetem dolgozói és hallgatói részéről. A sértett felek nehezményezték, hogy a törvénytervezetről csupán a sajtóból értesültek, hogy az előzetes egyeztetés elmaradt, és kifogásolták, hogy az általuk delegált jelöltek közül senki nem került be a kuratóriumba. Ezzel szemben Rátóti Zoltán lapunknak elmondta, Vidnyánszky Attila már évekkel ezelőtt próbálta felvenni a kapcsolatot az egyetem vezetésével, hogy legyenek partnerek egy új kampusz megépítésében és új struktúra kialakításában. „Lehet, hogy a változtatás tényéről későn szóltak nekik, de a változtatás szándékáról mindenképpen tudtak” – fogalmazott.
A tiltakozás rövid időn belül mozgósította a hallgatókat, a diákok elfoglalták az egyetem Vas utcai épületét, elbarikádozták a bejáratot, hogy a kuratórium tagja ne juthassanak be. Állandósultak a tüntetések, a tanárok és az általuk feltüzelt fiatalok élőláncra hívták az embereket, miközben a kuratóriummal való egyeztetéseket sorozatban visszamondták. A tanév szeptember 7-én kezdődött volna, ám Upor László rektorhelyettes önhatalmúlag úgy döntött, hogy nem kezdik meg a tanítást. A dolgozók és a hallgatók sztrájkot hirdettek. Zsámbéki Gábor, Székely Gábor, Ascher Tamás, Enyedi Ildikó és Máté Gábor is felmondott, az egyetem vezetői pedig kijelentették, addig nem hajlandók dolgozni, amíg nem teljesülnek a követeléseik, vagyis a kuratórium nem mond le, és a szenátus jogköreit vissza nem állítják.
Az SZFE körül kialakult harcok szakmai köntösbe bújtatott politikai csaták. Szakmai és pénzügyi aggályok már nem először merülnek fel az intézménnyel kapcsolatban. „A problémákat az egyetemi polgárok és a tanárok régóta ismerik. Számos oktató ismerte be, hogy struktúraváltásra van szükség” – nyilatkozta L. Simon László, az Országgyűlés kulturális bizottságának alelnöke. Az Állami Számvevőszék szerint az SZFE gazdálkodását mintegy tíz éve sorozatos és visszatérő szabálytalanságok jellemzik. 2013-ban az ÁSZ öt évre visszamenőleg súlyos hibákat állapított meg, amelyeket az egyetem vezetése azóta sem küszöbölt ki. A számvevőszék javaslatokat tett a rektornak, amelyek alapján az intézmény vezetése 38 feladatból álló intézkedési tervet állított össze. Ennek végrehajtását az ÁSZ 2018 februárjában értékelte, és megállapította, hogy a vezetés a vállalt 38 feladatból mindössze 4-et hajtott végre határidőre.