November 4-én, miután megtudták, hogy Baján ellenállásra készülnek, a tüzérek és nemzetőrök megszervezték a bevezető utak védelmét. Végül nem került sor összetűzésre a szovjetekkel, akik ráadásul csak november 7-én érkeztek meg a településre. A bíróság azonban később úgy ítélte meg, hogy „igaz, hogy sem emberéletben, sem anyagiakban semmiféle kár nem keletkezett, de ha jöttek volna, lőttek volna” [kiemelés – Gy. S.]. Arról mind a nyomozás, mind a tárgyalás során elegánsan „megfeledkeztek”, hogy a Jánoshalmára érkező szovjet alakulatok parancsnoka külön megköszönte Szobonyának, hogy fenntartották a rendet és megőriztek mindent és mindenkit a községben.
Szobonyát végül 1957. február 8-án vették őrizetbe. Június 1-ig közbiztonsági őrizetben (leánykori nevén internálás) tartották fogva,
akkor indították meg ellene a vizsgálatot „ellenforradalmi” cselekményei miatt.
A népi demokratikus államrend megdöntésére irányuló szervezkedés kezdeményezésével és vezetésével vádolták. A vádak egyik alapját az a szándék képezte, amely szerint november 4-én hajnalban társaival készültek a szovjetek elleni (védelmi) harcra. A másik alap a már említett 19 pont volt, noha megfogalmazásuk idejére azok nagy része már teljesült is. Az sem számított, hogy a követelések megfogalmazói éppúgy felemelték a szavukat az 1945 előtti rend, mint a Rákosi-korszak ellen. „A régi rendet régi formájában nem akarjuk, nem akarunk kizsákmányoló kapitalizmust, földesurak, gyárigazgatók, bankárok uralmát, de nem akarunk többé proletárdiktatúrát sem. Nemzeti, keresztény és szociális társadalmi és politikai közegben kívánunk élni.” És ha már szóba került a Rákosi-rezsim: a vádiratba olyan, A tanú című filmbe illő abszurd pontok is bekerültek, mint hogy 26-án Szobonya maga szervezte meg a saját kiszabadítását követelő tüntetést.
A Kecskeméti Megyei Bíróság Lengyel Zoltán vezette tanácsa 1957. november 27-én minden vádpontban bűnösnek találta és halálra ítélte. A Legfelsőbb Bíróság Mecsér József vezette népbírósági tanácsa 1958. szeptember 17-én jogerőre emelte az ítéletet. Négy társa 5 évtől életfogytig terjedő büntetéseket kapott. 1958. szeptember 29-én végezték ki a Kecskeméti Megyei Börtönben. Elveihez végig hű maradt. Ahogy egyszer fogalmazott: „Inkább becsületben meghalni, mint becstelenül élni.”