A zsidótörvények azonban fokozatosan megnehezítették, majd ellehetetlenítették tevékenységét. 1942-ben kénytelen volt lemondani vezérigazgatói tisztségéről, de a meghurcoltatás ellenére sem adta fel életművét, a vállalatot hűséges kollégái segítségével illegálisan irányította. Áldozatos tevékenységére a Vatikán is figyelt. 1943-ban Angelo Rotta apostoli nuncius látogatást tett a gyárban, és személyesen tolmácsolta Richter Gedeonnak a pápa köszönetét az áldozatvállalásáért, a segélyszervezeteknek küldött nagylelkű gyógyszerfelajánlásokat. Az eseményről márványtábla készült, ezt később a kommunisták – mint klerikális megnyilvánulást – összetörték.
Az 1944-es év eleje átmeneti könnyebbséget hozott, Richter ugyanis engedélyt kapott, hogy szaktanácsadóként ismét legálisan vehessen részt a vállalat vezetésében. 1944. március 19-e, az ország német megszállása után azonban az ő sorsa is tragikusra fordult. Áprilisban a vállalatot ért sorozatos támadások miatt igazgatósági tagságáról is lemondott, s végül a gyárból is kitiltották. A vidéki zsidóság deportálását követően, 1944 nyarán lehetősége nyílott volna a távozásra, ugyanis a Vöröskereszt útján svájci menlevélhez jutott.
Az idős gyógyszerész azonban nem élt a menekülés lehetőségével, habár vagyonának és kapcsolatainak köszönhetően könnyen megtehette volna. A felelősségtudat hazájához kötötte.
Úgy érezte, hogy munkájára pont ebben a vészterhes időszakban van a legnagyobb szükség,
hiszen a háború miatt rengeteg ember szorul rá gyógyszereire, s belekapaszkodott abba a reménybe is, hogy az orvoslás terén felmutatott érdemei megóvják a veszélytől, hiszen ő egész életében csak a betegek megsegítésén munkálkodott. Bizakodását erősítette, hogy 1944 augusztusában mentesítették a zsidótörvények rendelkezései alól. Így rövid időre ismét újult erővel folytatta hivatását, a medicinák előállítását. 1944. október 15-e, a nyilas hatalomátvétel után azonban csakhamar érvénytelenítették Richter mentességét. Sorstársaihoz hasonlóan ő is bujkálásra kényszerült, egy ideig rokonoknál talált menedékre.