Ezek közül is vegyük előre az indexeket és jelentéseket összeállító szervezetek értékvállalásával kapcsolatos észrevételeket. Általában igaz ugyanis, hogy ezek a szervezetek maguk sem értéksemlegesek, hanem valamilyen ideológiai háttérből fakadó módszertan mentén értékelik az egyes országokat. Ennek ellenére olyan tekintélyt vagy autoritást alakítottak ki maguknak, amely miatt ezek a szervezetek hiteles és objektív ítéletalkotóknak tűnnek a szélesebb közvélemény körében. Egyes kutatók azt is megjegyzik, hogy ezen szervezetek gyakran köthetőek egy-egy politikai erőközponthoz. Mindez természetesen önmagában nem probléma, de az már igen, hogy a szervezetek a semlegesség látszatának fenntartása miatt ezen politikai preferenciáikat nem exponálják. Jó példa erre a nemrég kirobbant kisebb botrány, amikor is Világbanknak kellett bocsánatot kérnie, mert politikai nyomásgyakorlásra használta versenyképességi mutatóját. Chile versenyképességi mutatói ugyanis irreális mértékben csökkentek akkor, amikor baloldali kormány volt hatalmon.
Az értéksemlegesség hamis álcája mellett a nemzetközi irodalom ismertet konkrét módszertani hiányosságokat is, amelyek általánosságban jellemzik ezeket a mutatókat. Egyfelől, amikor egy index olyan elvont alapelvekkel, fogalmakkal operál, mint a demokrácia vagy a versenyképesség, akkor eleve nincs elfogadott definíció arra vonatkozólag, hogy mik ezen elvont fogalmak empirikusan mérhető jellemzői. Így a mérési szempontok kiválasztása már eleve önkényes és értékítéletet foglal magában. Ennél még nagyobb probléma, hogy az egyes mutatókat készítő intézmények miképpen választják ki a méréshez használt adatokat. A szelekció során is jelentkezhet ugyanis előítéletesség. Különösen igaz ez azokra az esetekre, amikor nem konkrét mérésen alapuló, esetleg nyilvánosan elérhető adatok alapján dolgozik egy-egy intézet, hanem szakértői vélemények és értékelések – menthetetlenül szubjektív – szempontjai mentén alakul ki egy-egy mérőszám. Még nagyobb probléma, hogy a meglévő adatokat milyen módszerek szerint aggregálják. Az eltérő aggregációs módszereknek köszönhetően extrém esetekben az is megtörténhet, hogy az elméletileg ugyanazt mérő, sőt, nagyjából ugyanolyan adatokkal is operáló nemzetközi mutató teljesen más eredményt hoz ki ugyanazon ország esetében. Másrészt – állapítja meg a szakirodalom – az aggregálás során keveredhetnek az objektív és szubjektív adatok, ezzel gyengítve a kész mutatószám objektivitását és hitelességét.
Mivel a Századvég által is elemzett Nations in Transit és a Freedom in the World módszertana nagyban hasonlít egymásra, érdemes ide idézni a Századvég tanulmánya által az előbbiről tett megállapításokat. A legszembetűnőbb körülmény, hogy egy-egy országról, így a Magyarországról szóló jelentést is egyetlen személy (!!!) készítette el. Ezt a jelentést ugyan felülvizsgálhatja egy bíráló bizottság, azonban ilyen felülvizsgálatnak nincs nyoma. A 2016-os jelentés – amely értelemszerűen a 2015-ös évet elemezte – ezen túlmenően főleg baloldali magyar sajtóban megjelent cikkek alapján értékelte a magyar demokrácia állapotát.