1241-ben a tatárjárás súlyos károkat okozott az épületben, így a következő években az egyházmegye élére került Lampert püspök gyökeres újjáépítésbe fogott. Az általa megkezdett, majd utódai által a 14. század elején befejezett klasszikus gótikus székesegyház még megtartotta elődjének körvonalait, sőt románkori apszisait is, mindössze a templom északi oldalára épült egy nagyszerű, hatalmas mérműves ablakokkal áttört falú, karcsú középpillérre boltozott sekrestye.
A 14. század közepén az ambiciózus Dörögdi Miklós püspök elhatározta a régi dóm kibővítését. Először nyugat felé hosszabbította meg az épületet: új, toronypárral övezett díszkaput és mögé előcsarnokot emeltetett. Itt, az előcsarnok közepén, a kapu mögött alakíttat ki saját pompás síremlékét is. Építkezései azonban ezzel nem értek véget: egy új szentélyt is tervezett a régi románkori apszisok mögé. Ehhez a korabeli Közép-Európa más főpapjaihoz hasonlóan a nagy francia gótikus katedrálisok szentélykörüljárós, sugárkápolnás szentélyeit vette mintaképnek. Ha ő már nem is tudta befejezni ezt a nagyszerű új művet, utódai alatt, a 14. század végére már biztosan elkészültek a munkák. Ám a szentélyt és a hosszházat soha sem nyitották teljesen egybe: a románkori főapszist szentélyrekesztőként meghagyták, ami így a püspök és a kanonokok új szentélyben kialakított templomát választotta el a nép által használt régi hosszháztól. A mellékapszisokat ugyan lebontották, de a helyükre valószínűleg tornyok épültek, így csak a sekrestyén keresztül lehetett felmenni az új szentélybe. Zsigmond király korában már csak új kápolnákkal lehetett bővíteni a nagy templomot: 1430-ban Rozgonyi Péter püspök két új kápolnát csatolt a hosszház déli oldalához.”