„A toleranciáról szólva nem feledkezhetünk el arról, hogy intoleranciával az elmúlt évszázadokban általában épp a keresztényeket, katolikusokat vádolják. Tolerancia kapcsán a fő ellenpélda szinte mindig az eretnekekkel szembeni inkvizíció. John Rawls szerint (Az igazságosság elmélete, Osiris, Budapest, 1997. 263.o.,) Aquinói Szent Tamás a »korlátozott toleranciát« is elveti, hiszen az eretnekekkel szemben nem csak a kiközösítést, hanem a halálbüntetést is megengedhetőnek tartotta (Summa Theologiae II-II, q. 11, a. 3).
Ezzel szemben gyakran hivatkozunk arra, hogy a katolikus egyház mindig csak az eretnekek (vagyis a katolicizmust megtagadók) és nem a más vallásúak ellen lépett fel (lásd erről akár Aquniói Szt. Tamás zsidókról szóló tanítását); gyakran hivatkozunk arra, hogy az eretnekek ilyen büntetése mindig a világi hatalom döntése volt és az inkvizíció épp azt a célt szolgálta, hogy valaki eretneksége ügyében ne a világi hatalom dönthessen (mindenkori politikai, »üzleti« ellenfeleit bélyegezve eretneknek), hanem csakis az egyház; gyakran emlegetjük, hogy az eretnekek fellépésének, vagy éppen a reformátusok katolikusellenes politikájának (például Angliában) lényegesen több áldozata volt, mint az inkvizíciónak. Ez a hivatkozás ugyan igaz (sőt az angolszász jog a kontinentális jogban ma ismert bírósági eljárást inquisitorial processnek nevezi - ez az a rendszer, ahol a bíró felelős az igazság kiderítéséért; a bíróval szembeni ilyen explicit vagy implicit elvárás az inkvizíció hagyománya), de mai szemmel semmiképpen sem tagadhatjuk, hogy e korszak - nem csak az Egyházra, hanem a világi hatalomra is jellemző - eljárása elfogadhatatlan. Nem véletlenül kért bocsánatot II. János Pál 2000. március 12-én az Egyház tagjainak az évszázadok során elkövetett bűneiért.”