Az úszókra potenciálisan veszélyes baktériumok és egyéb kórokozók jelenléte miatt felmerült a kérdés, hogy biztonságos-e a versenyek megrendezése ezekben a vizekben.
A szervezők megpróbáltak nyugtatni mindenkit, mondván, hogy folyamatosan dolgoznak a vízminőség javításán és biztosítják, hogy a verseny idejére a Szajna vize megfelelő lesz. Emellett számos intézkedést hoztak, hogy csökkentsék a szennyezés mértékét, beleértve a szennyvíztisztító létesítmények fejlesztését és az ipari kibocsátások ellenőrzését.
Az Olimpiai Bizottság hangsúlyozza, hogy az úszók egészsége és biztonsága elsődleges szempont, és csak akkor engedélyezik a versenyek megtartását a Szajnában, ha minden biztonsági előírásnak megfelelnek a vízminőségi tesztek eredményei. Az úszók és az edzők azonban továbbra is aggódnak, és szoros figyelemmel kísérik a helyzet alakulását.