Mindazonáltal Roskies szerint, még ha a dekóder nem is működik jól, problémákat vethet fel, ha az ügyvédek vagy a bíróságok szeretnék használni, főként úgy, hogy nem ismerik a korlátait. A jelenlegi tanulmányban például a Csak úgy kiugrottam [az autóból] mondatot úgy dekódolták, hogy ki kellett löknöm őt az autóból. „Ez a hatalmas jelentésbeli különbség nagyon szembetűnő ahhoz, hogy egy jogi ügyben óriási különbséget jelentsen és gondot okozzon – mondja. – Attól tartok, hogy akkor is használják ezt a dolgot, amikor az adott helyzetben nem lehetne.”
Az austini Texasi Egyetem már idézett informatikusa, Jerry Tang egyetért. „A poligráf sem pontos és kellemetlen következményekkel járhat – mondta egy sajtótájékoztatón. – Senkinek az agyát nem szabadna nyitott könyvvé formálni a beleegyezése nélkül.” Így Tang és Huth felszólította a politikai döntéshozókat, hogy proaktívan foglalkozzanak azzal, hogy az agyolvasó technológiákat mikor és hogyan lehet jogszerűen használni.
Lázaro-Muñoz szerint e jogszerűséget tükrözhetné az a 2008-as amerikai törvény, amely megakadályozza, hogy a biztosítók és a munkáltatók az emberek genetikai információit diszkriminatív módon használják fel. Aggodalomra adhat okot az is, hogy a dekóder milyen hatással lehet az olyan betegségekben szenvedőkre, akiknek nem kívánt gondolataik lehetnek arról, hogy ártani akarnak másoknak, de soha nem tennének így.
Pereira szerint szintén nyitott kérdés, hogy a dekóderek mennyire pontosak, ahogy az is, hogy egyéni helyett, univerzálisak-e. „Ez attól függ, hogy mennyire tartjuk egyedinek az embert” – mondja.
Bár ez a különleges, frissen fejlesztett „gondolatdekóder” jó lehet a következő szó megjóslásában, a metaforák vagy a szarkazmus értelmezésében mégis nehézségekbe ütközhet. Pereira szerint valójában sokkal nagyobb a lépés a szavak összerakása és annak meghatározása között, hogy az agy hogyan kódolja a szavak közötti kapcsolatokat.