A II. Kriszosztomosszal zárt ajtók mögött folytatott tanácskozás után a katolikus egyházfőt meghívták, hogy találkozzék a görög ortodox egyház legfőbb döntéshozó szerve, a szent szinódus tagjaival. Ferenc pápa a találkozón sajnálatát fejezte ki amiatt, hogy a történelem az ezeréves egyházszakadás következtében milyen „mély barázdákat” vájt katolikusok és ortodoxok közé. Hangsúlyozta ugyanakkor, hogy közös jótékonysági együttműködéssel, oktatási programokkal és az emberi méltóság elősegítését célzó erőfeszítésekkel a katolikusok és az ortodoxok újra felfedezhetik a köztük lévő testvériséget.
Bár a ciprusi ortodox közösség lélekszáma csak 800 ezer körül van, ciprusi egyházvezetők kiemelték, hogy a szigetország a „kapu szerepét” töltötte be a kereszténység nyugati elterjedésében.
Pál apostol 45-ben térítette át keresztény hitre Ciprus akkori római kormányzóját, a keresztény vallás ekkor kezdett el terjedni a szigeten. Ferenc pápa háromnapos látogatásának a középpontjába emelte, hogy Ciprus milyen sok szálon kötődik a kereszténység gyökereihez. Elemzők korábban kiemelték, hogy II. Kriszosztomosz várhatóan felveti a ciprusi keresztény kegyhelyek pusztulásának problémáját is a katolikus egyházfőnek, abban bízva, hogy a pápa politikai befolyása esetleg lendületet adhat a sziget újraegyesítését célzó tárgyalásoknak is.