Whitakert - akit Jeff Sessions igazságügyi miniszter múlt heti lemondatása után nevezett ki Donald Trump - azért is különösen sok bírálat éri, mert ő felügyeli majd a Robert Mueller vezette különleges bizottság munkáját. A bizottság azt vizsgálja, volt-e összejátszás a 2016-os elnökválasztási kampány idején Donald Trump kampánycsapatának munkatársai és az oroszok között.
A menesztett Sessions etikai megfontolásokra hivatkozva kezdettől kivonta magát a vizsgálatban történő részvétel alól, és a feladatot helyettesére, Rod Rosensteinre bízta. Rosensteinről időközben kiderült: titokban hangfelvételeket készített, illetve azok készítésére akarta rábeszélni a Fehér Ház néhány munkatársát, azzal a céllal, hogy lejárassák Donald Trumpot.
Matthew Whitaker már a megbízatása utáni percekben bejelentette: nem vonja ki magát a vizsgálatból, Rosenstein helyett ő felügyeli majd a Mueller-bizottságot. A kongresszus demokrata párti politikusai felszólították, hogy - a tárca belső etikai bizottságával konzultálva - ne felügyelje a Mueller-bizottságot. Elemzők szerint ha a kormányzatra nézve kedvezőtlen ítélet születne Whitaker kinevezése ügyében, azt az igazságügyi minisztérium várhatóan megfellebbezné, és akkor az ügyben az Egyesült Államokban az alkotmánybíróság feladatát ellátó legfelsőbb bíróság mondhatja ki a végső szót.