Bírálatok érték a hivatalt egy augusztus 25-ei Twitter-üzenete miatt, amelyben megerősítette azokat a sajtóhíreket, amelyek szerint a szír állampolgárságú menedékkérőket – a Dublin III. rendelet alapján – egyelőre nem küldik vissza abba az uniós tagállamba, ahol elérték az EU területét. A bírálatok szerint ezt az üzenetet szírek „meghívólevélként” értelmezték, és ez okozta a menekülthullám további, drámai mértékű erősödését augusztus végén-szeptember elején. A legtöbb megfigyelő szerint a BAMF és a belügyminisztérium nem mérte fel, hogy a digitális kommunikáció lehetőségei révén az arab nyelvterületen is gyorsan elterjedt hír milyen következményekkel járhat.
A Süddeutsche Zeitung című lap csütörtöki beszámolója szerint a szövetségi kormány és a tartományok vezetőinek keddi egyeztetésén is éles kritikával illeték a hivatal tevékenységét. Ugyanakkor a bírálatok célpontja kevésbé Manfred Schmidt, és sokkal inkább felettese, Thomas de Maiziére belügyminiszter volt, aki a tartományi vezetők véleménye szerint nem rendelkezik részletes, átfogó és a rendkívüli helyzet hatékony kezelésére alkalmas elképzelésekkel, tervekkel. Az első hírmagyarázatok szerint a BAMF 2010 óta hivatalban lévő, 56 éves, tekintélyes szakembernek számító elnökének lemondása nem is más, mint „gyalogáldozat”.
Thomas de Maiziére egy szerda esti televíziós vitaműsorban kitért a személyét és minisztériumát érő bírálatokra. Rámutatott, hogy nem lehetett előre látni a fejleményeket, különösen azt nem, hogy milyen ütemben növekedik majd a balkáni migrációs útvonalon érkezők száma. Kiemelte, hogy míg a Földközi-tenger felől érkező menedékkérők száma csupán nagyjából 5 százalékkal emelkedett az idén eddig az egy évvel korábbihoz képest, a balkáni útvonalon a 600 százalékot is meghaladó növekedést tapasztaltak, és ez a növekedés kiemelkedő mértékű volt a július-augusztusi időszakban.